Suomen Solubiologit ry

Yhdistys edistää solubiologian tutkimusta, koulutusta, tiedotusta ja työpaikkojen perustamista solubiologeille harjoittaen koulutus- ja tiedotustoimintaa.

Liity jäseneksi

Ajankohtaista

Solubiologian Gradu- tai harjoittelupaikka Jyväskylässä

19.9.2018 | Ajankohtaista

Etsitään solubiologiasta kiinnostunutta gradutyöntekijää ja/tai harjoittelijaa tutkimusprojektiin, jonka aiheena on HDL:n vaikutus soluhengitykseen. Projekti toteutetaan yhteistyössä prof. Heikki Kainulaisen (Jyväskylän yliopisto, Liikuntabiologia) ja tutkimusjohtaja Matti Jauhiaisen (Lääketieteellinen tutkimuslaitos Minerva, Helsinki) tutkimusryhmien kanssa ja työt tehdään Jyväskylän yliopiston liikunta- ja terveyslaboratoriossa (jäähallin ja hipposhallin välissä Hippoksella).

Projektissa pääsee tutustumaan mm. soluviljelymenetelmiin HDL:n eristykseen verinäytteestä ultrasentrifugaatiolla sekä käsiteltyjen solujen analysointiin esim. niiden soluhengitystä mittaamalla (high resolution respirometry).

Päävastuu työsi ohjauksesta on allekirjoittaneella, mutta myös muilta laboratoriossa työskenteleviltä tutkijoilta saat apua ja ohjausta. Projektin avulla saat käsityksen työskentelystä useamman projektin yhteisessä laboratoriossa, kokemusta useasta biotieteiden alalla käytössä olevasta tutkimusmenetelmästä ja käytännön kokemuksen tieteenteosta.

Sinulta odotetaan laboratoriossa työskentelyn perustaitoja, soluviljelykurssilla opittavia taitoja ja kykyä itsenäiseen työskentelyyn.

Projektin voi aloittaa jo syksyllä, mutta kokeellinen osa toteutuu pääosin kevään aikana.

Mikäli kiinnostuit, ota yhteyttä.

Maarit Lehti, FT
LIKES-tutkimuskeskus
Rautpohjankatu 8
40700 Jyväskylä

maarit.lehti@likes.fi

040 550 3515

Syksyistä huomenta Kuopiosta!

18.9.2018 | Ajankohtaista

Tällä kertaa Suomen Solubiologit ry:n Instagramin kaappaa Johanna Matilainen, joka toimii yhdistyksen tiedotussihteerinä ja nuorempana tutkijana (Eli väitöskirjatyöntekijänä) Kuopion biolääketieteen yksikössä Itä-Suomen yliopistossa. Tervetuloa seuraamaan jatko-opiskelijan arkea @SuomenSolubiologit tilillämme!

The research group “Host-Pathogen-Microbiota Interaction” (HOPI) at the Helmholtz Institute for RNA-based infection research (HIRI) is offering a PhD position “Bacterial RNA biology in the gut microbiota”

17.9.2018 | Ajankohtaista
The research group “Host-Pathogen-Microbiota Interaction” (HOPI) of Jun. Prof. Alexander J. Westermann at the Helmholtz Institute for RNA-based infection research (HIRI) in Würzburg (Germany) is offering a PhD position “Bacterial RNA biology in the gut microbiota”
 
The Helmholtz Institute for RNA-based Infection Research (HIRI) has been established in May 2017 as joint venture between the Helmholtz Centre for Infection Research (HZI) and the Julius Maximilian University of Würzburg (JMU). Located on the Würzburg medical campus, it is the first research institution worldwide to exclusively address the role of ribonucleic acids (RNAs) in infection processes. Based on these findings, the HIRI will pioneer an integrative approach to exploit the vast potential of RNAs as a diagnostic molecule, target and drug for new strategies to combat infectious diseases. For further information, please visit: www.helmholtz-hiri.de or www.helmholtz-hzi.de/hiri.
 
Project description:
The HIRI is recruiting a doctoral student to identify and characterize noncoding RNAs and RNA-binding proteins (RBPs) in anaerobic bacterial members of the mammalian gut microbiota. The project will rely on microbiological and cell-culture techniques, CRISPR interference screening, RNA-seq approaches, and the mechanistic characterization of the resulting RNA and RBP candidates using bacterial genetics and a variety of biochemical approaches. More information on current research themes in the research group can be found as part of Jun. Prof. Westermann’s profile on the HZI website.
 
The successful applicant will work in the dynamic environment of the HIRI in Würzburg, which is part of the Helmholtz Centre for Infection Research (https://www.helmholtz-hzi.de/en/). The selected applicant will further be embedded within the highly successful structured doctoral training program of the Graduate School Life Sciences (GSLS) Würzburg (http://www.graduateschools.uni-wuerzburg.de/life-sciences/doctoral-researchers/ ).
 
Further reading:
• Westermann et al. (2016) Nature 529:496-501
• Westermann & Barquist et al. (2017) Plos Pathog 13(2):e1006033
• Hör, Gorski, Vogel (2018) Mol Cell S1097-2765(17)30980-2
 
Qualifications:
• Master’s Degree/Diploma in molecular biology, microbiology, immunology, biotechnology, bioinformatics or a related field
• Basic practical molecular biological, biochemical and/or microbiological skills
• Previous experience in infection biology, bacteriology or RNA biology
• Strong written and spoken English language communication skills
• Ability to work independently and as part of an international team
• A strong desire to do research, enthusiastic, creative and highly self-motivated
 
Desired (non-essential) background:
• Previous experience working with large-scale biological data sets, particularly RNA-seq and/or CRISPRi data
• Familiarity with the microbiome
• Knowledge of a scripting language (Python, Perl, etc.) and R
 
Equally well-qualified disabled applicants will be given preference. The HIRI expressly invites women to apply.
 
Starting date: November 15, 2018 – Initial term 1 year, with the possibility of an extension of additional 2 years –
 
Place of work: Helmholtz Institute for RNA-based Infection Research (HIRI)
Josef-Schneider-Straße 2, 97080 Würzburg, Germany
 
Salary: TVöD E13 (50%) with the possibility of an additional payment of 10%
 
Probation period: 6 months
 
Published: September 11, 2018
 
Closing date: October 14, 2018
 
Application: Applicants are required to complete the online application form here:
https://hzi.opencampus.net/  (Please refer to the job number 64/2018).
 
For more details regarding the PhD project, please contact Jun. Prof. Alexander J. Westermann via E-Mail: alexander.westermann@helmholtz-hiri.de

 

Solubiologi-lehti

16.6.2018

Solubiologi 1/2018

Pääkirjoitus, 28.05.2018

Suomen kesä on alkanut erittäin lämpimästi ja kesän tuloon liittyy tietysti myös vuoden ensimmäinen Solubiologi. Tämän vuotisen kevään numeron aloittaa Marjaana Parikainen, joka avartaa meille kollageeni I:stä sitovan α2β1-integriinin roolia eturauhassyövässä, ja tämän vaikutusta geeniekspressioon ja invaasioon. Seuraavaksi Teemu Syrjälä kertoo meille brominoituneista palonestoaineista ja niiden vaikutuksista syöttösoluihin. Tämänkertaisen tietopaketin päättää Moona Huttusen ulkomaankirjeenvaihtotervehdys, jossa käydään läpi hänen jo kolme vuotta kestäneitä seikkailuitaan Lontoossa University Collegessa, Englannissa.

Tänä kesänä saimme mahdollisuuden lähteä laboratorioryhmän kanssa joukolla Suomea pakoon vierailulle TuE:hen (Technische Universiteit Eindhoven) Eindhoveniin, Hollantiin, jossa tapasimme ryhmänjohtajamme Cecilia Sahlgrenin toisen ryhmän tiimiläisiä. Ahkerana professorina Cecilia pyörittää siis kahta kokonaisuutta, ja olihan se mielenkiintoista päästä tutustumaan teknillisen yliopiston työtapoihin ja tekniikkoihin. Tämä alunperin 1956 perustettu yliopisto kouluttaa pääasiassa insinöörejä teknologian alalla, mutta solu- ja kudostekniikan ja mikrofabrikoinnin laboratoriot yhdistävät solubiologiaa ja biotekniikkaa. Yhteistyö insinöörien ja solubiologien välillä on tärkeässä asemassa TuE:ssa, kun kehitetään esimerkiksi keinotekoisia sydänläppiä tai mikrosiruja, joilla halutaan simuloida erilaisia olosuhteita, joihin solut voivat joutua. Lopullisena päämääränä on kehittää niin sanottuja organ-on-a-chip –menetelmiä, joilla voitaisiin simuloida kokonaisia elimiä pienoismallissa.

Tämä jäänee omalta osaltani päätoimittajuuteni viimeiseksi Solubiologi-lehdeksi, koska syksyllä puikkoihin tarttuu J.J. Hyvää kesän jatkoa kaikille toivottaa SEb ja koko Solubiologin väki.

– Sebastian Landor

”I am the easy-going doctor who does not need to salute properly. You will find that I am always removing my gloves. The reason for my lab coat being a slightly different color to yours is never explained.”

 

1. Artikkeli. Kollageenireseptori α2-integriini säätelee eturauhassyöpäsolujen geeniekspressiota ja invaasiota, Marjaana Parikainen (FM)

Erikoistyössä tutkittiin α2-integriinin vaikutusta eturauhassyöpäsolujen geeniekspressioon sekä solujen migraatioon ja invaasioon neljällä α2-integriiniä erilaisesti ilmentävällä DU145-solutyypillä. α2-integriinin havaittiin säätelevän tiettyjen geenien ilmentymistä sekä RNA- että proteiinitasolla mutta se ei vaikuttanut säätelemiensä proteiinien lokalisaatioon solussa. Lisäksi havaittiin, että α2β1-kollageeni I -vuorovaikutus lisäsi solutyyppien välisiä RNA-tason ilmentymiseroja suurimmalla osalla tutkituista 12 geenistä, minkä perusteella α2-integriinin aktivoituminen ja signalointi ligandivuorovaikutuksessa säätelee näiden geenien ilmentymistä. α2-integriiniä ilmentävät solut invasoivat enemmän Matrigeeliin ja kollageeni I:een kuin α2-integriiniä ilmentämättömät solut. Tulosten perusteella α2β1-integriiniin kohdentuvaa syöpähoitoa voitaisiin mahdollisesti hyödyntää eturauhassyövän luumetastaasien estämiseen.

 

2. Artikkeli. The effects of some common brominated flame retardants (bfrs) on cell degranulation and cell viability in a mast cell line, Teemu Syrjälä (Biomedical Laboratory Scientist, Bachelor of Health Care; EQF6)

The aim of this study was to investigate the effects of two commonly used brominated flame retardants, tetrabromobisphenol A (TBBPA) and hexabromocyclododecane (HBCD), on degranulation and viability of a mast cell line RBL-2H3. Assays measuring and monitoring cell viability and the release of inflammatory proteins via degranulation were developed. The results showed that both TBBPA and HBCD cause substantial cell death over a long-term exposure in vitro. Both compounds caused some degranulation of the cells, although the results from HBCD turned out to be quite modest compared to those gotten from TBBPA. TBBPA greatly induced cell death by apoptosis while only a very small degree of necrotic cell death was observed. While the degree of necrosis caused by HBCD remains unknown, it was shown to also induce apoptotic cell death at least to some extent. The study concludes that TBBPA, based on the results, does seem to be a mast cell sensitizing agent. HBCD has great potential to have similar effects, although this requires further research.

 

3. Artikkeli. Ulkomaankirjeenvaihtaja, London University College (UCL) Englanti, Moona Huttunen (FT)