Ajankohtaista

Erikoistutkijan ma. tehtävä: mikrobiomitutkimuksen bioinformatiikka

24.5.2021 | Avoimet työpaikat

https://www.utu.fi/fi/yliopisto/tule-meille-toihin/avoimet-tehtavat

Turun yliopisto on maailmanluokan monialainen tutkimusyliopisto, joka tarjoaa haasteellisia työtehtäviä ja ainutlaatuisen näköalapaikan suomalaiseen ja kansainväliseen tiede- ja koulutusmaailmaan. 

Turun yliopiston Tietotekniikan laitos hakee erikoistutkijaa määräaikaiseen tehtävään mikrobiomitutkimuksen bioinformatiikan alalle 1.9.2021-28.2.2025. Hankkeessa kehitetään ja sovelletaan uusia bioinformatiikan menetelmiä ajankohtaiseen mikrobiekologian ja metagenomiikan tutkimukseen osana kansainvälistä yhteistyöverkostoa. Tutkimustyön lisäksi työtehtävät voivat sisältää muita tehtäviä, kuten hankkeen koordinointia, kurssien ja tapahtumien järjestämistä, opinnäytetöiden ohjausta ja muuta opetusta. Työ tehdään apulaisprofessori Leo Lahden tutkimusryhmässä Tietotekniikan laitoksella.

Odotamme itsenäisyyttä, analyyttisiä valmiuksia, erinomaista opintomenestystä, yhteistyökykyä, ja motivaatiota työskennellä monitieteisessä ympäristössä. Sopiva hakija on juuri valmistunut tai viimeistelemässä tohtorintutkintoa soveltuvalta alalta ja omaa julkaisuin osoitettua näyttöä alan menetelmien ja tutkimuskysymysten hallinnasta. Kokemus yritysyhteistyöstä katsotaan eduksi. Sujuva suomen ja englannin kielen taito ovat välttämättömiä.

Tehtäväen kelpoisuusvaatimuksista on säädetty Turun yliopiston johtosäännössä: https://www.utu.fi/fi/yliopisto/organisaatio 

Erikoistutkijan tehtävään otettavalta edellytetään tohtorin tutkintoa ja kykyä itsenäiseen tieteelliseen työhön. Tehtävärakenteen toiselle portaalle sijoittuvaan erikoistutkijan tehtävään voidaan ottaa myös ylemmän korkeakoulututkinnon suorittanut henkilö, jolla on erityisen hyvä käytännöllinen perehtyneisyys tehtäväalaan.

Erikoistutkijan palkkaus määräytyy yliopistojen palkkausjärjestelmän opetus- ja tutkimushenkilöstön vaativuustasokartan tasojen 4-6 mukaisesti, jossa tehtäväkohtainen palkanosa on 2591,28–3498,98 euroa kuukaudessa. Lisäksi tehtävässä maksetaan henkilökohtaiseen suoriutumiseen perustuvaa palkanosaa, joka on 6% – 50% tehtäväkohtaisesta palkasta.

Tehtävässä on kuuden (6) kuukauden koeaika.

Hakemus tulee jättää viimeistään keskiviikkona 2.6.2021 (23:59) yliopiston sähköisessä rekrytointijärjestelmässä.

Linkki järjestelmään on ilmoituksen alussa kohdassa (”Täytä hakemus”). Ilmoitus on luettavissa osoitteessa: www.utu.fi/tyopaikat 

Hakemukseen tulee sisällyttää:
1)      motivaatiokirje (1 sivu)
2)      ansioluettelo (1-4 sivua)
3)      julkaisuluettelo
4)      tutkintotodistukset
5)      opintorekisteriote

Lisätietoa tehtävästä antaa apulaisprofessori Leo Lahti, leo.lahti@utu.fi

Kuusi metabolomiikan tutkimustehtävää – teknikosta erikoistutkijaan

9.5.2021 | Avoimet työpaikat

https://www.utu.fi/fi/yliopisto/tule-meille-toihin/avoimet-tehtavat

Etsimme innovatiivisia hakijoita uusiin metabolomiikan tutkimustehtäviin:

  • 1-2 erikoistutkijaa/tutkijatohtoria
  • 1-2 tutkijatohtoria/väitöskirjatyöntekijää
  • 1-2 laboratorioinsinööriä/teknikkoa

Turun yliopisto vahvistaa metabolomiikan analytiikkatoimintojaan rekrytoimalla lisää työntekijöitä metabolomiikkateknologian ja sen sovellusten metodologiseen kehittämiseen bio- ja lääketieteen eri alojen tutkimusprojekteissa. Avoimet tehtävät sijoittuvat teknillisen tiedekunnan, Turun Biotiedekeskuksen ja matemaattis-luonnontieteellisen tiedekunnan yhteistyöhankkeeseen. Tehtävien rahoitus pohjautuu Turun yliopiston strategiarahoitukseen ja ulkoisiin rahoituslähteisiin kuten Jane ja Aatos Erkko Säätiö, Suomen Akatemia, Juvenile Diabetes Research Foundation, Novo Nordisk Foundation ja EU-komissio. Tehtävien pääpaino on päivittäisessä toiminnassa liittyen metabolomiikan/lipidomiikan tutkimustoimintaan, menetelmien kehittämiseen sekä niiden soveltamiseen tutkimusprojekteissa keskittyen sekä ruokaan ja ravitsemukseen että tiettyihin lääketieteellisiin osa-alueisiin osana väitöskirjatyöntekijän/tutkijatohtorin projekteja. Tehtävät sijoittuvat tutkimusta johtavien Kati Hanhinevan, Matej Orešičin ja Alex Dickensin tutkimusryhmiin.

Lipidomiikan tutkimuksessa pääpaino on LC-MS-pohjaisten menetelmien jatkokehityksessä, käyttöönottamisessa ja soveltamisessa sisältäen sekä laaja-alaisen lipidiprofiloinnin että lipidirakenteiden tarkan analyysin kuten isomeerien identifikaation ja kvantitoinnin sekä kaksoissidosten paikan määrityksen lipidien asyyliketjuissa. Lisäksi keskitymme steroidianalytiikan kehittämiseen uuden, juuri hankinnassa olevan QqQ instrumentin avulla.

Erikoistutkijan/ tutkijatohtorin tehtävä

Päätehtävät ja vastuualueet

  • Päivittäiset toiminnot ja ongelmanratkaisu koskien metabolomiikka- ja lipidomiikkasovelluksissa käytettäviä LC-MS-instrumentteja, yhteistyössä palkattavan laboratorioinsinöörin/teknikon kanssa
  • Analyyttisten menetelmien kehittäminen MS-pohjaisiin analyyseihin kohdennetulle ja ei-kohdennetulle metabolomiikka/lidomiikkametodeille mukaan lukien yhdisteiden tunnistamisen
  • Dokumentaatio ja raportointi

Vaadittavat ominaisuudet

  • Soveltuva tohtorin tutkinto analyyttisestä kemiasta, metabolomiikasta tai muulta relevantilta alalta
  • Ensiluokkaiset taidot nestekromatografia-massaspektrometrilaitteiston käyttämiseen ja ongelmanratkaisuun
  • Kokemus metabolomiikan/lipidomiikan menetelmäkehittämisestä
  • Motivoitunut, oma-aloitteinen ja itsenäinen työskentelyote
  • Hyvä kirjallinen ja suullinen englannin kielen taito

Toivotut lisäominaisuudet

  • vahva kansainvälinen julkaisutausta
  • käytännön kokemus LC-MS ja LC-MS/MS ja/tai GC-MS/GC-MS-MS analytiikasta
  • aikaisempi kokemus lipidomiikka-analyyseistä ja ymmärrystä lipidien kemiasta ja biokemiasta
  • LC-MS analytiikkaan liittyvää ohjelmisto-osaamista kuten esim Topspin, Analyst, Compass , MassHunter, MS-DIAL, mzMine, MassLynx
  • selkeää näyttöä uusien teknologioiden implementaatiosta
  • kokemusta projektiraportoinnista ja/tai projektirahoitusten hakemisesta

Tutkijatohtori/Väitöskirjatyöntekijä

Päätehtävät ja vastuualueet

  • MS-pohjaisen metabolomiikka/lidomiikka-analytiikan soveltaminen tutkimusprojekteissa painottuen lääketieteeseen, ruokaan ja ravintoon
  • Erilaisten näytteiden tutkiminen, esim.  kasvi/ruokanäytteet, mikrobikannat ja ihmisperäiset näytteet
  • metabolomiikan data-analyysit ja niiden metodien kehittäminen
  • dokumentointi ja raportointi
Vaadittavat ominaisuudet
  • Soveltuva tohtorin/maisterintutkinto analyyttisestä kemiasta, elintarvikekemiasta, biokemiasta, metabolomiikasta tai muulta relevantilta alalta
  • Tavanomaisten bioanalyyttisten tutkimusmenetelmien tuntemus
  • Hyvät kommunikaatiotaidot
  • Hyvä kirjallinen ja suullinen englannin kielen taito

Toivotut lisäominaisuudet

  • kansainvälisiä julkaisuja
  • käytännön kokemus LC-MS ja LC-MS/MS ja/tai GC-MS/GC-MS-MS analytiikasta
  • aikaisempi kokemus lipidomiikka-analyyseistä ja ymmärrystä  kemiasta ja biokemiasta
  • LC-MS analytiikkaan liittyvää ohjelmisto-osaamista kuten esim Topspin, Analyst, Compass , MassHunter, MS-DIAL, mzMine, MassLynx
  • kokemusta projektiraportoinnista 

Laboratorioinsinööri/teknikko 

Päätehtävät ja vastuualueet

  • Päivittäiset toiminnot liittyen näytteiden ja ajoliuosten valmistamiseen ja instrumenteista huolehtimiseen
  • Kryogeenisten nesteiden täyttö NMR systeemeihin
  • Laboratoriotarvikkeiden tilaaminen
  • Näyte- ja kemikaalitietokantojen ylläpito

Vaadittavat ominaisuudet

  • tehtävään soveltuva tutkinto
  • 1-5 vuoden työkokemus
  • Hyvät tiimityötaidot
  • Hyvä suomen ja englannin kielten taito
  • Erinomaiset organisointitaidot

Toivotut lisäominaisuudet

  • Käyttökokemus MS/NMR laitteistoista ja kemiallisten rakenteiden analytiikasta
  • motivoitunut ja kiinnostunut asenne käytännön työhön high-end-instrumenttien kanssa
  • aiempi työkokemus biologisten näytteiden analysoinnin valmistelusta
  • LC-MS analytiikkaan liittyvää ohjelmisto-osaamista esim Topspin, Analyst, Compass , MassHunter, MS-DIAL, mzMine MassLynx
  • perus-GC ja/tai LC ylläpidon tuntemus

Palkkaus

Valintakriteerimme perustuvat siihen, että löydämme tehtävään pätevimmän ja sopivimman henkilön. Käytännössä se tarkoittaa, että huomioon otetaan paitsi koulutus, tieteelliset julkaisut ja työkokemus, myös henkilökohtaiset ominaisuudet, kommunikaatio- ja motivaatiotekijät sekä muut tehtävän hoitamisen kannalta olennaiset tekijät.

Palkka määräytyy yliopistojen työehtosopimuksen perusteella ja riippuu hakija koulutuksesta ja pätevyyksistä. Tehtävät sijoittuvat opetus- ja tutkimushenkilökuntaan, paitsi laboratorioinsinöörin/teknikon tehtävä kuuluu muuhun henkilökuntaan. Työsuhteeseen sisältyy mm. lakisääteiset eläke- ja työttömyysvakuutusmaksut, hyvät työterveys- ja liikuntapalvelut ja lomaraha.

Palkka laboratorio-insinöörille/teknikolle ja väitöskirjatyöntekijälle on keskimäärin 2300 -2700 eur/kk ja tutkijatohtorille keskimäärin 3100-3500 eur/kk. Erikoistutkijan palkka on pätevyydestä ja kokemuksesta riippuen keskimäärin 3400-4500 eur/kk.

Työsuhteen kesto

Tehtävien aloittamisajankohta on neuvoteltavissa, toivottavasti kuitenkin elo-syyskuussa 2021. Tehtävien kesto on 24 kuukautta, ja saattaa olla mahdollista että ne jatkuvat sen jälkeenkin. Tehtävissä on kuuden kuukauden koeaika ja niiden pätevyysvaatimukset löytyvät yliopiston johtosäännöstä: https://www.utu.fi/sites/default/files/public%3A//media/file/turun-yliopiston-johtosaanto.pdf

Hakemuksen lähettäminen

Lähetäthän englanninkielisen hakemuksesi mahdollisimman pian, kuitenkin viimeistään 31.5.2021 yliopiston sähköisen hakujärjestelmän kautta. Aloitamme hakemusten arvioinnin heti saapumisen jälkeen ja saatamme haastatella osaa ehdokkaista jo toukokuussa.

Linkki hakujärjestelmään löytyy yliopiston nettisivuilta 
https://www.utu.fi/fi/yliopisto/tule-meille-toihin/avoimet-tehtavat

Liitä englanninkieliseen hakemukseesi

  1. motivaatiokirje (max 1 sivu) joka keskittyy omiin vahvuuksiisi liittyen juuri meidän tutkimusaiheisiimme.
  2. ansioluettelo
  3. tutkintotodistuksen kopiot
  4. vähintään kolmen suosittelijan yhteystiedot (nimi, työpaikka, sähköpostiosoite)
  5. julkaisuluettelo jossa korostettuna viisi tehtävän kannalta olennaisinta julkaisua (ei vaadita laboratorioinsinöörin/teknikon tehtävässä)
  6. väitöskirjatyöntekijältä todistus riittävästä englannin kielen taidosta (https://www.utu.fi/en/research/utugs/how-to-apply/language )

Hakemisprosessiin liittyvissä kysymyksissä avustaa tarvittaessa henkilöstöasiantuntijamme Paula Luoma paula.luoma(at)utu.fi

Laajempia tietoja rekrytoivista yksiköistä ja niiden mielenkiintoisista tutkimuskohteista löydät englanninkielisestä ilmoituksesta: https://www.utu.fi/en/university/come-work-with-us/open-vacancies

Tutkimusryhmien johtajista löydät tietoa täältä

professori Matej Orešič: https://bioscience.fi/research/systems-medicine/profile/
apulaisprofessori Alex Dickens: https://www.utu.fi/en/people/alex-dickens
professori Kati Hanhineva: https://www.utu.fi/en/people/kati-hanhineva

He kertovat myös mielellään tehtävästä tarkemmin

matej.oresic(at)utu.fi
alex.dickens(at)utu.fi
kati.hanhineva(at)utu.fi

Toivotamme sinut sydämellisesti tervetulleeksi monikulttuuriseen työyhteisöömme.

Call for applications / PhD in cancer biology

29.4.2021 | Avoimet työpaikat

https://www.utu.fi/en/news/call-for-applications-phd-in-cancer-biology

The Cancer Biology laboratories of Klaus Elenius and Kari Kurppa are looking for a doctoral candidate to join a collaborative project.

Research Project

The two laboratories, led by the principal investigators Professor Klaus Elenius, MD/PhD and Dr. Kari J. Kurppa, PhD, aim to develop novel means to specifically target cancer cell signaling and drug resistance. Our special interest lies in the mechanisms that enable the establishment of minimal residual disease, or govern the maintenance of residual tumors following targeted cancer therapy. The overarching goal of our research is to develop rational combination strategies that will extend the long-term efficacy of clinically used cancer therapies.

Clinical drug resistance is often preceded by minimal residual disease state, where residual tumors stay dormant for an extended period of time. It is becoming increasingly evident that the establishment of minimal residual disease is mainly regulated by non-genetic mechanisms, as cancer cells adapt to treatment by acquiring new phenotypic states that no longer depend on the targeted oncogene. Recent research in our laboratories has demonstrated that a ligand/receptor axis composed of ERBB receptors and their ligands is a key regulator of cancer cell drug tolerance. The doctoral candidate’s research will build upon these findings and address the mechanisms of ERBB activation upon targeted therapy. The project also includes a drug development arm aiming at developing a novel inhibitor to specifically block the ERBB-mediated drug tolerance pathway. The approach takes advantage of the long experience of the Elenius lab in the cancer biology and targeting of the ERBB receptors, as well as of the unique understanding of the Kurppa lab of the molecular mechanisms underlying tumor dormancy and drug tolerance.

Applicant

Successful applicants should have a MSc or equivalent degree in a relevant field. Excellent academic performance and knowledge of written and spoken English are required. Prior experience on systems and basic laboratory methodologies in the field of biomedicine, e.g. in vitro cancer model and omics analyses, is desired. The applicant should demonstrate the skills needed in the research area (e.g. from MSc thesis work) and motivation for doctoral studies.

The applicant should familiarize with pension insurance and taxation regulations for recipients of scientific grants and scholarships. The doctoral candidate is expected to enroll in a PhD program in the next call.

Grant

The research of the doctoral candidates will be initially funded for a period of three years by Cancer Foundation Finland by monthly personal grants.

How to apply

>> Link to application form

Please, include in your application a motivation letter and a CV with at least two references.

The deadline for applications is May 3, 2021 (11:59 PM UTC+3). Preferable starting date is May 17, 2021, but due to the COVID-19 situation, the starting date is negotiable.

For any inquiries, please contact Klaus Elenius, klaus.elenius[a]utu.fi or Kari Kurppa, kjkurp[a]utu.fi.

Määräaikainen projektitutkijan tehtävä Funktionaalisen Genomiikan Keskuksessa

8.4.2021 | Avoimet työpaikat

https://www.utu.fi/fi/yliopisto/tule-meille-toihin/avoimet-tehtavat

Suomen Funktionaalisen Genomiikan Keskus on ydinpalveluyksikkö, joka kuuluu kansalliseen Biokeskus Suomi infrastruktuuriverkostoon. Tuemme korkeatasoista tutkimusta tarjoamalla avoimen pääsyn viimeisimpiin alan huippua edustaviin teknologioihin ja palveluihin genomiikan alalla. Tällä hetkellä tärkeimmät palvelumme ovat uudensukupolven sekvensointiin perustuvat genomin, transkriptomin ja epigenomin analyysit eri menetelmillä. Palveluidemme käyttäjiä ovat akateemiset yksiköt, valtion tutkimusyksiköt, terveydenhuollon tutkimusyksiköt sekä yritykset. Genomiikan keskus sijaitsee Turun Biotiedekeskuksessa, joka on Turun Yliopiston ja Åbo Akademin yhteinen erillislaitos. Toimimme läheisessä yhteistyössä useiden kansainvälisten ja kansallisten sidosryhmien kanssa.

Etsimme nyt tiimimme projektitutkijaa tukemaan uusien menetelmien käyttöönottoa tutkimuspalveluita varten sekä koordinoimaan tutkimusprojekteja. Avaintehtäviin kuuluu uusien protokollien kehittäminen ja käyttöönotto, verifiointi tai validointi ja yksikössä toteutettavien tutkimus- ja palveluprojektien tukeminen ja koordinointi, kuten koeasetelman suunnittelu, budjetointi, näytteiden prosessointi, tulosten analysointi ja tulkinta ja raportointi läheisessä yhteistyössä ydinpalveluyksikön henkilöstön ja sidosryhmien kanssa.

Tehtävä vaatii erinomaisia yhteistyötaitoja, kommunikaatiotaitoja englanniksi, vahvaa molekyylibiologian ja genomiikan osaamista, erinomaisia laboratoriotaitoja ja kykyä suurta tarkkuutta vaativaan laboratoriotyöhön. Ydinpalveluyksikkö tarjoaa asiantuntija tukea ja palvelua jatkuvasti kehittyvillä alan huippumenetelmillä. Siksi tehtävä vaatii myös joustavaa ja avointa asennetta sekä motivaatiota oppia jatkuvasti uutta ja kykyä sopeutua nopeisiin muutoksiin ja jatkuvasti kehittyvään tutkimusympäristöön. Tehtävä vaatii myös laatujärjestelmä osaamista, johon tarjotaan myös koulutus. Aiempi kokemus laatujärjestelmästä katsotaan hakijalle eduksi.

Hakijalla tulee olla tehtävään sopiva alan koulutus. Tehtävän kesto on yksi vuosi kuuden kuukauden koeajalla. Saattaa myös olla, että tehtävälle on tarvetta jatkossa. Palkka määräytyy Suomen yliopistojen työehtosopimuksen mukaisesti. Tehtävä sijoittuu opetus-ja tutkimushenkilöstön henkilöstöryhmään. Riippuen koulutus- ja kokemustasosta sekä muusta osaamisesta palkka on keskimäärin 2200 – 2500 eur / kk.

Otamme vastaan hakemuksia vastaan vuoden 2021 toukokuun 15. päivään asti tai kunnes paikka on täytetty. Hakemuksen voi jättää Turun yliopiston elektronisen hakuportaalin kautta: https://www.utu.fi/fi/yliopisto/tule-meille-toihin/avoimet-tehtavat

Lisätietoja antaa tarvittaessa: Riikka Lund, riikka.lund@utu.fi, phone +358 41517 1616, https://bioscience.fi/services/functional-genomics/services/