26.9.2016 | Ajankohtaista
Post-doctoral position is available in the laboratory of Professor Jukka Westermarck at the Centre for Biotechnology, University of Turku, Turku, Finland. We are looking for highly motivated researcher with PhD degree to join our dynamic research group broadly focused on very exciting therapeutic potential of PP2A reactivation in cancer therapy (http://www.btk.fi/research/research-groups/westermarck/ ).
The project is focused on characterization of novel therapeutic opportunities emerging from our recently published and currently on-going research related to the role of PP2A in breast cancer development and drug resistance (Laine et al., unpublished, Laine et al., Cancer Disc., 2013, Niemelä et al., Oncogene, 2012, Come et al. Clin. Cancer Res., 2009). Recent very rapidly accumulating data from others and us indicate that targeting of PP2A inhibition mechanisms may open entirely new perspectives for treatment of cancer patients with otherwise dismal prognosis.
Candidate requirements:
· PhD or MD/PhD
· Highly motivated person with strong interest in translational cancer research
· Strong experience in basic and translational cancer research demonstrated by at least one first author publication in a relevant journal
· Experience using mouse tumor models is highly desirable
· Good skills in both oral and written English and in team-working are highly valued
Our selected recent publications:
Myant et al., Cell Reports, 2015
Ventela et al., Oncotarget, 2015
Kauko et al., Scientific Reports, 2015
Laine et al., Cancer Discovery, 2013
Khanna et al., Cancer Research, 2013
For further information or inquiries regarding this post, please contact Jukka Westermarck by e-mail: jukwes@utu.fi
The DL for applications is September 30, 2016 and position is available starting from October 15, 2016 or later. Position is initially for two years with a possibility to extension depending on the progress of the project. Position starts with 4 months trial period. To apply, e-mail to tiina.arsiola@utu.fi a single merged PDF document including your CV, list of publications and an application letter clearly describing how your profile matches to candidate requirements listed above, and other previous achievements in the field. Also include names and contact information of three references in the same PDF document. In the subject line of your e-mail, indicate the following text: Post-doc position/Breast cancer
26.9.2016 | Ajankohtaista
The University of Eastern Finland, UEF, is one of the largest multidisciplinary universities in Finland. In international rankings, we are ranked among the leading 300 universities in the world. The Faculty of Health Sciences operates at the Kuopio Campus of the UEF. The Faculty offers education in medicine, dentistry and pharmacy, as well as in some other central fields of the health care sector. The Faculty is research-intensive, and its internationally recognized research activities are closely linked to the strategic research areas of the University. There are approximately 2,500 degree students and about 450 PhD students in the Faculty. The number of staff adds up to almost 700 experts (http://www.uef.fi/en/uef/ttdk).
The A.I. Virtanen Institute for Molecular Sciences at the Faculty of Health Sciences, UEF, is a research institute with the profile on molecular medicine of major diseases of high importance for health care. These diseases include cardiovascular diseases, neurodegenerative diseases, and metabolism-related diseases.
We are now inviting applications for an Early Stage Researcher (Neuroinflammation in Alzheimer’s disease) position, Faculty of Health Sciences, A.I. Virtanen Institute for Molecular Sciences, Kuopio Campus
We are looking for an enthusiastic PhD student candidate to work in the Neuroinflammation research group (http://www.uef.fi/en/web/aivi/tarja-malm-group) in the Academy of Finland funded project “Regulation of neuroinflammation via non-coding RNAs in Alzheimer’s disease”. The project aims at identifying the gene regulatory processes that take place specifically in microglia in healthy brain and during AD development. The PhD student will be working with next generation sequencing approaches, flow cytometric techniques and novel models of neuroinflammation including both in vitro and in vivo work. In addition, the candidate will be guiding other students working within the project and is expected to write scientific publications. An ideal candidate has suitable education, high motivation towards research career, excellent English skills, is capable of carrying out very precise laboratory work, has ability to work in a team, ability to take responsibility and initiative and has good knowledge in some of the following areas: cell culture techniques, animal work, molecular biology, flow cytometry and confocal / multiphoton imaging. The applicant needs to have recommendation from two previous and recent supervisors / PIs.
A person to be appointed as an early stage researcher shall be qualified to pursue postgraduate studies, i.e. he or she is required to have completed a suitable higher university degree. Positions of early stage researchers shall always be filled for a fixed term (UEF Administrative Regulations, Section 30).
The position is filled for a fixed term from 9.1.2017 to 31.12.2019 (with a possibility of extension after this period). The salary of the position is determined in accordance with the salary system of Finnish universities and is based on levels 2-4 of the job requirement level chart for teaching and research staff (€1,985.85 – 2,475.31/ month). In addition to the job requirement component, the salary includes a personal performance component, which may be a maximum of 46.3% of the job requirement component.
For further information on the position, please contact: Associate Professor, Academy Research Fellow Tarja Malm, +358 40 3552209, tarja.malm@uef.fi. For further information on the application procedure, please contact Human Resources Secretary Hanne Tanskanen, hanne.tanskanen@uef.fi.
A probationary period is applied to all new members of the staff.
The electronic application should contain the following appendices:
The application needs to be submitted no later than 10.10.2016 (by 24.00 hours Finnish time) by using the electronic application form.
19.6.2016 | Ajankohtaista
Pääkirjoitus, 03.05.2016
Solubiologi-lehti on uudistanut ulkoasunsa ja julkaisee tästä lähtien etukannessa solubiologiaan liittyvää värikästä ja inspiroivaa kuvantamista. Jos teiltä lukijoilta löytyy kaunista kuvamateriaalia, jonka haluaisitte koko Solubiologilukijakunnan nähtäville, niin ottakaa ihmeessä yhteyttä lehden päätoimittajaan tai aluetoimittajiin.
Tässä numerossa olemme ajan hermoilla Juha “Lihastohtori” Hulmin ja Heikki Kainulaisen artikkelilla, jossa kohtaa liikuntafysiologia sekä solu- ja molekyylibiologia. Syöpäosiossa Barun Pradhan sekä Liisa Kauppi kertovat meille DNA:n uudelleenjärjestelyjen havaitsemisesta syövässä, ja Kati Porkka selvittää meille miten infektio voi laukaista leukemian. Sanna Mäkelä puolestaa kertoo meille influenssaviruksen havaitsemisesta soluissa, ja numeron päättää meidän oman Solubiologit ry:mme puheenjohtajan tiivistelmä tämän vuoden työelä- mäseminaarista.
Lääketieteellisen tutkimuksen rehellisyys on ollut tapetilla tämän vuoden alussa Ruotsin kuuluisimmassa yliopistossa eli Karoliinisessa Instituutissa professorina työskennelleen Paolo Macchiarinin jäätyä kiinni tutkimusvilpistä. Tämä aikaisemmin regeneratiivisen lääketieteen edelläkävijänä pidetty lääkäri, joka ensimmäisenä maailmassa suoritti keinotekoisten kurkunpäiden implantaatioita, on tutkimuksissaan rikkonut eettisiä säännöksiä, tarpeettomasti vaarantanut potilaiden henkiä sekä vääristänyt tutkimustuloksia julkaisuissa.
Macchiarinin kaksi ensimmäistä operaatiota, joissa käytettiin elinluovuttajilta saatuja henkitorvia, olivat onnistuneita, ja nämä potilaat ovat edelleen hengissä ja hyvinvoivia. Kuusi sitä seuraavaa potilaasta, jotka saivat synteettisistä “scaffoldeista” ja potilaiden omista kantasoluista koostuvia kurkunpäitä – toimenpide, jota ei ollut vielä tieteellisesti todistettu toimivaksi – eivät selvinneet hengissä pitkään jatkuvista komplikaatioista johtuen. Macchiarini myös vääristeli potilaiden toipumista operaatioiden jälkeen hyvinkin korkean luokan julkaisuissa. Tapaus Macchiarini esimerkillistää tieteessä esiintyvän vilpin, joka pahimmillaan torpedoi koko tieteen perustan, ja joka voi asettaa potilaita hengenvaaraan sovelletussa tieteessä.
Aurinkoista kesää toivottaen!
Sebastian Landor
Artikkeli 1. Solu- ja molekyylibiologia liikuntafysiologien työkaluina, Juha Hulmi (PhD, dosentti) ja Heikki Kainulainen (Prof.)
Fysiologia on haastava tieteenala. Se yhdistää molekyylitason mekanismit, solujen vä- lisen kommunikaation, ja eri kudosten sekä koko kehon toiminnan tutkimuksen. Fysiologian osa-alue, liikuntafysiologia, on yksi Jyväskylän yliopiston liikuntatieteellisen tiedekunnan pääaineista. Se tutkii erityisesti liikunnan, ja uudempana ilmiönä myös liikkumattomuuden vaikutuksia elimistöön. Liikuntafysiologia pitää sisällään myös elimistön toiminnan ja suorituskykyyn vaikututtavien sairauksien tutkimuksen.
Artikkeli 2. Detecting DNA rearrangements- a focused approach, Barun Pradhan (M.Sc.), Liisa Kauppi (Assistant Professor, PhD)
Artikkeli 3. Infektio voi laukaista leukemian, Kati Porkka (FT)
Infektioiden on jo kauan uskottu liittyvän lasten leukemioihin. Vaikka tilastolliset tutkimukset ovat tukeneet tätä teoriaa, niin biologisia todisteita infektioille altistumisesta leukemioiden laukaisevana tekijänä ei ole ollut. Arvostetun Cancer Discovery –lehden joulukuussa 2015 julkaisemassa tutkimuksessa tämä yhteys vihdoin osoitettiin käyttä- mällä mallieläiminä hiiriä, joilla oli akuutille B-soluleukemialle altistava Pax5-geenin mutaatio. Jos hiiriä pidettiin olosuhteissa, joissa ne eivät altistuneet taudinaiheuttajille, niille ei kehittynyt leukemiaa. Jos ne sen sijaan siirrettiin pian syntymän jälkeen ympäristöön, jossa ne kohtasivat patogeenejä, 22% hiiristä sairastui leukemiaan. Tällä osoitettiin todeksi ns. viivästyneen infektion hypoteesi, jota on ensimmäisen kerran esitetty leukemian laukaisevaksi tekijäksi jo vuonna 1988.
Artikkeli 4. Influenssaviruksen tunnistus soluissa luontaisen immuniteetin reseptoreilla, Sanna Mäkelä (FM väit.)
Influenssainfektioita esiintyy Suomessa talvikaudella vuosittaisina epidemioina. Ajoittain influenssavirusinfektioita ilmaantuu myös laajempana pandemiana jos uudentyyppinen influenssavirus alkaa levitä ihmisestä toiseen. Viimeisin pandemian aiheuttaja oli ns. sikainfluenssavirus vuonna 2009, eli tyypin H1N1 pandeeminen influenssa A -virus. Influenssavirukset aiheuttavat ihmisissä hengitystieinfektioita, jotka voivat johtaa vakavaan tautiin perussairailla, immuunipuutteisilla tai iäkkäillä henkilöillä. Yleensä ihmisen immuunipuolustuksen tehokas aktivoituminen influenssavirusinfektion seurauksena johtaa taudin paranemiseen. Taudinaiheuttajan nopea tunnistus on edellytys immuunipuolustuksen tehokkaalle ja tarkoituksenmukaiselle käynnistymiselle. Soluilla on lukuisia erilaisia hahmontunnistusreseptoreiksi kutsuttuja reseptoreita, joiden avulla ne valvovat mikrobirakenteiden esiintymistä soluvälitilassa, solulimassa ja muissa solun rakenteissa. Havaitessaan mikrobirakenteen solut erittävät vasteena viestiaineita, eli sytokiineja, jotka ohjaavat immuunipuolustuksen toimintaa. Erittäin tärkeä puolustuskeino influenssavirusta vastaan on interferoneiksi kutsuttujen sytokiinien tuotanto, mikä puolestaan johtaa monien virusta rajoittavien soluproteiinien tuottoon. Tässä artikkelissa tarkastellaan influenssavirusinfektion aikaisia vaiheita soluissa, miten viruksen tunkeutuminen soluun havaitaan ja miten interferonivaste solussa laukeaa.
http://www.fennokauppa.fi/yrityksille/tuotteet/Laboratoriotuotteet
4.4.2016 | Ajankohtaista
Esittelypiste 7.4.
1.3.2016 | Ajankohtaista
Suomen Solubiologit ry sai vuosikokouksessaan 29.2.2016 uuden hallituksen! Tämän mahtavan porukan kanssa suunnitellaan jo uusia tapahtumia vuodelle 2016:
Elina Siljamäki – puheenjohtaja
Jan Koski – varapuheenjohtaja
Johanna Matilainen – tiedotussihteeri
Linda Kauppinen – taloudenhoitaja
Mira Kuusisto – sihteeri
Emmi Lindroos – jäsen
Jenni Tuominen – jäsen
Kari Salokas – jäsen
Anne-Mari Koivisto – jäsen
3.1.2016 | Lehtiartikkelit
Pääkirjoitus, 29.10.2015
Vaikka vuosittaiset Nobel-juhlallisuudet pidetäänkin vasta joulukuussa, on Nobel-palkintojen saajat jo nimetty. Solubiologeille läheisin Nobel-palkinto on tottakai fysiologian tai lääketieteen palkinto, jonka tänä vuonna jakoivat Campbell, Omura ja Tu sukkulamato-loistartuntojen ja malarian hoitomuotojen kehittämisestä. Näitä unohdettuja tauteja sairastaa edelleen sadat miljoonat ihmiset, erityisesti Afrikan köyhimmillä alueilla. Nobel-komitea päätti tänä vuonna palkita näitä tauteja vastaan taistelevia, yrittäen samalla herättää tietoisuutta esimerkiksi malariasta, taudista, jonka tuhoamista muun muassa Bill Gates hänen hyväntekeväisyysjärjestönsä kautta tukee.
Tässä numerossa palaamme vielä 2014 kemian Nobel-palkintojen tunnelmiin professori Pekka Hännisen kirjoittamassa katselmuksessa Stefan Hellin vaiherikkaista opiskeluajoista, jotka johtivat lopulta STED-nanoskopian syntyyn. Hänninen kuvailee myös kriittisesti, miten tulevia keksijöitä ja mahdollisia Nobelisteja voisi tukea mahdollistaaksemme myös uusia läpimurtoja tieteen eri aloilla.
Tämän lisäksi tarjoamme lukijoillemme jännittäviä lukuhetkiä syöpäpainotteisen teemanumeron äärellä, jonka aloittaa Annika Kohvakan artikkeli pitkien ei-koodaavien RNA-molekyylien roolista syövän synnyssä ja kehityksessä. Anniina Runtuvuori puolestaan kuvailee ortoreovirusten käyttöä syöpäterapiassa. Syöpää käsittelevän trion päättää Kati Porkan katselmus nykyaikaisesta immunoterapiasta.
Solubiologin korkein koulutustaso on filosofian tohtori ja monet Solubiologi-lehden artikkelien kirjoittajat ovat juuri väitöskirjatyöntekijöitä. Monet tieteessä elävät kuvailevat väitöskirja-ajan elämän parhaimmaksi ajaksi. Ja tottahan tuo usein on – parhaimmillaan saa elää varsin huoletonta (minimi)palkallista jatko-opiskelijan elämää ja samalla kehittyy tulevaisuuden verkostot läheisistä ystävistä. Itse aloitin väitöskirjatyöt juuri perustetussa laboratoriossa vuonna 2010 samaan aikaan kolmen muun jatko-opiskelijan kanssa, joista yksi väitteli hiljattain tämän vuoden lokakuussa. Vastaväittelijäksi oli lennätetty paikalle maailmanluokan spesialisti juuri meidän tieteemme alalta. Nyt kun muistelen tuota päivää ja ajattelen omaa ensi vuonna tapahtuvaa väitöstäni, mietin myös miten kylmää kyytiä väitös voi olla. Väitöksiä on selvästi kahdenlaisia: on niitä, joissa väittelijä asetetaan pedestaalille ja hänen työtään kehutaan ja väitös on suurta juhlaa, ja sitten on niitä joissa vastaväittelijä terävällä skalpelilla dissektoi väitöskirjan perusteellisesti asettaen yksi toisensa perään kiperiä kysymyksiä, joihin väittelijän olisi parasta olla varautunut. Itse kehotan olemaan pelkäämättä tätä jälkimmäistä tilannetta, joka voi pitkällä tähtäimellä olla jopa opettavaisempi kokemus pakottaen väittelijän omaksumaan nöyryyttä sekä uusia ideoita lennosta. Suomalaiseen mielenalaan tosin taitaa yleisesti sopia paremmin tuo rauhallisempi väitös –vaihtoehto.
Hyviä joulunodotuksia toivottaa jälleen kerran Solubiologi-lehden väki!
Sebastian Landor
Artikkeli 1. Pitkät ei-koodaavat RNA:t mukana syövän synnyssä ja kehityksessä, Annika Kohvakka (FM)
Useimmat tuntevat lähetti-RNA:n ja sen toiminnan proteiinien synteesissä. RNA:t ovat myös paljon muuta. Ne kykenevät hiljentämään geenien ilmentymistä. Ne voivat katalysoida reaktioita. Ne voivat jopa infektoida soluja. Ne voivat olla yksijuosteisia, kaksijuosteisia, hiuspinnejä, renkaita ja ties vaikka mitä. On tRNA:ita, rRNA:ita, siRNA:ita, miRNA:ita, piRNA:ita, snRNA:ita, snoRNAI:ita jne. Uusimpana tulokkaana listan jatkoksi ovat tulleet pitkät ei-koodaavat RNA:t, eli lncRNA:t. Ne ovat itsessäänkin hyvin värikäs ryhmä erilaisiin solun toimintoihin osallistuvia RNA:ita, jotka usein osallistuvat geenien säätelyyn kromatiinitasolla. Monet lncRNA:t on yhdistetty myös syövän säätelymekanismeihin ja toimivat mukana kasvainten kasvua edistävissä tai estävissä reiteissä.
Artikkeli 2. Nisäkkäiden ortoreoviruksen käyttö syöpäterapiassa, Anniina Runtuvuori (LuK)
Nisäkkäiden ortoreovirus (engl. Mammalian orthoreovirus, MRV) on reoviruksiin kuuluva onkolyyttinen virus, joka kykenee luontaisesti hakeutumaan syöpäsoluun hajottamaan solun solukalvot. Virusta hyödynnetään syöpäterapian kehityksessä. MRV on vaipaton, ikosahedraalinen virus, jonka segmentoitunut kaksijuosteinen RNA on pakattu kaksinkertaisen kuoren sisään. MRV kulkeutuu solun sisälle endosytoosilla klatriini-välitteisissä vesikkeleissä. MRV:n kaikkien proteiinien roolia viruksen elinkierrossa ei tunneta. MRV on tällä hetkellä kokeellisessa käytössä aivosyöpää ja rintasyöpää hoidettaessa. Näiden tutkimusten tulokset ovat olleet myönteisiä, ja MRV on osoittautunut hyvin siedetyksi ja tehokkaaksi etenkin yhdistelmähoidossa säde- ja kemoterapian rinnalla. MRV:n annoskokoja ja niiden tehokkuutta eri syövissä tutkitaan. Lisäksi pyritään kehittämään immuunijärjestelmän toimintaa hillitseviä menetelmiä, jotka edelleen tehostaisivat viruksen kohdentumista syöpäkasvaimiin. Toistaiseksi MRV:n on todettu olevan potentiaalinen ja turvallinen terapiamuoto syövän hoidossa. Tässä artikkelissa esitellään MRV:n potentiaalia ja käyttöä syöpäterapian välineenä. Artikkeli keskittyy kuvailemaan MRV:n rakennetta ja sen merkitystä viruksen toiminnalle sekä käyttömahdollisuuksia syövän hoidossa.
Artikkeli 3. Syövän immunoterapian uudet tuulet, Kati Porkka (FT)
Science-lehti valitsi syövän immunoterapian vuoden läpimurroksi joulukuun 2013 viimeisessä numerossaan. Elimistön omaa immuunijärjestelmää hyödyntäviä syöpähoitoja on toki yritetty kehitellä jo vuosikymmeniä, mutta vasta aivan viime vuosina tällä tutkimusalueella on tapahtunut suuri harppaus, joka on nyt mullistamassa syövän hoidon. Syöpäsoluille ominaisia rakenteita tunnistaviin vasta-aineisiin perustuvia täsmälääkkeitä on ollut käytössä jo viime vuosituhannen lopusta saakka. Uusia immunoterapian muotoja sen sijaan ovat immuunivasteen muuntajat, adoptiivinen CAR-T-soluterapia, onkolyyttiset virusterapiat ja yksilölliset syöpärokotteet sekä erilaisten immunoterapioiden ja perinteisten syöpähoitojen yhdistelmät.
Artikkeli 4. Optinen korkearesoluutio-mikroskopia – ja innovaatiot sen ympärillä, Pekka Hänninen (Professori)
Vuoden 2015 Nobelit on jo jaettu, mutta palaan vielä vuoden 2014 Nobeleihin – Eric Betzig, William Moerner ja Stefan Hell jakoivat kemian palkinnon saavutuksistaan optisen mikroskopian kehittämisessä. Kannaltamme erityisen tärkeä on Stefan Hellin osuus – hänethän palkittiin optisiin menetelmiin perustuvasta työstään, joka laitettiin alulle täällä Suomessa 90-luvulla (Hell 1994; Hell ja Kroug 1995). Eric Betzig kehitti statistiseen yksittäismolekyylien tarkkaan paikantamiseen perustuvan menetelmän (Betzig ym. 2006), ja William Moerner palkittiin työstään yksittäisten molekyylien ilmaisussa (Moerner ja Kador 1989) ja tähän soveltuvien leimamolekyylien kehittämisessä. Sain olla mukana alusta alkaen – ehkäpä tässä tarinassa on jotain kannustavaa myös tuleville Nobelisteillemme.
http://www.fennokauppa.fi/yrityksille/tuotteet/Laboratoriotuotteet
12.11.2015 | Ajankohtaista
Työelämäseminaari 2015-2.1
16.10.2015 | Ajankohtaista
Työelämäseminaari 2015
11.6.2015 | Ajankohtaista
Haluaisitko Sinä Solubiologi-lehden uudeksi mainostoimittajaksi?
Mitä tekisin? Tehtävänäsi on hankkia mainokset kaksi kertaa vuodessa ilmestyvään Solubiologiin.
Miksi haluaisin mainostoimittajaksi? No tietenkin, koska
- lukuisat solu-ja molekyylibiologian alan firmat ja edustajat tulevat Sinulle tutuiksi
- saat itse näkyvyyttä firmojen suuntaan ja hyödynnät kontaktejasi tulevaisuudessakin
- saat kokemusta omalta alaltasi tieteen ulkopuolella
- opit asioita lehden toimittamisesta
- pääset mukaan rentoon toimituskuntaamme
Milloin aloittaisin? Paikka täytetään heti kun sopiva hakija löytyy.
Mikäli kiinnostuit tehtävästä ja olet innokas ja oma-aloitteinen, biologian alalta valmistunut henkilö tai alan opiskelija, ota yhteyttä niin kerromme paikasta mielellämme lisää. Aikaisempaa mainostoimittajan kokemusta ei vaadita.
Lisätietoja tehtävästä antaa yhdistyksen puheenjohtaja Elina Siljamäki (elisil@utu.fi, puh. 0505769807). Hakuaika päättyy 31.7.2015.
6.3.2015 | Lehtiartikkelit
Pääkirjoitus, 17.11.2014
Suomen Solubiologit ry:n juhlavuoden päätteeksi Solubiologi-lehti tarjoaa lukijoille vielä toisen pilkahduksen solubiologian saloihin tässä päätoimittajakauteni ensimmäisessä numerossa. Tällä kertaa uppoudumme parechovirusten infektioprosessiin, bakteriofaagien elinkiertoon sekä proteiinivuorovaikutusten inhibointiin lääkesuunnittelussa. Tämän lisäksi tutustumme myös Turun Biotekniikan keskuksen virusyksikön toimintaan sekä muistelemme Jyväskylässä pidettyä Suomen Solubiologit ry:n 40-vuotisjuhlan tapahtumia. Luvassa on siis viruspainotteinen teemanumero ripauksella lää- kesuunnittelua ja juhlaa. Lehden avaa Pirjo Merilahden artikkeli, jossa tarkastelemme ihmisen parechoviruksen sitoutumista solukalvolla sijaitseviin integriineihin ja sitä seuraavaa viruspartikkeleiden endocytoosia kaveoliini- ja klatriinireittiä hyväksi käyttäen. Edes bakteerit eivät säästy virusinfektioilta. Tämä selviää Sami Kurkisen ja Elina Laannon artikkelissa, jossa selvitämme bakteriofaagien elinkiertoa ja keskitymme erityisesti tutkimaan isäntäbakteereille monesti hyödyllisiä ominaisuuksia tuovaa lysogeenistä elinkiertoa. Pidämme hengähdystaukoa viruksista, kun Linda Kauppinen ja Sanna Niinivehmas kertovat artikkelissaan miten Bcl-2-proteiiniperheen vuorovaikutuksia inhiboimalla voidaan mahdollistaa apoptoosi syöpäsoluissa. Virustäytteistä teemaa mukaillen tarjoamme lukijoillemme vielä Artur Padzikin kirjoittaman virusyksikköesittelyn, jossa käsitellään erilaisten virusten käyttöä tutkimustyössä. Suosittelen tätä lämpimästi erityisesti virustutkimuksesta kiinnostuneille. Lopuksi Solubiologit ry:n oma Sira Karvinen on luonut meille hienon koosteen 40-vuotisjuhlan tapahtumista. Olin itsekin paikalla marraskuun alussa pidetyssä juhlaseminaarissa, jossa puhujina olivat muun muassa ’veljekset kuin ilvekset’ – Jyrki Heino ja Markku Kulomaa, jotka viiltävän terävän tieteen lisäksi hauskuuttelivat yleisöä ja juhlaväkeä yön pikkutunneille asti. Itse seminaarista haluan tuoda esille Markku Kulomaan puheen ihmisen roska-DNA:sta – tai pikemminkin roskattomasta DNA:sta. Muistan edelleen vanhoista oppikirjoista käsitteen, jonka mukaan 98% ihmisen DNA:sta on hyö- dytöntä romua ja vain 2% koostuu geeneistä. ENCODE-niminen yhteistyöprojekti, jonka tavoite on kartoittaa koko ihmisen DNA-sekvenssi, haastaa nyt tämän käsitteen arvioimalla, että jopa 80% DNA:sta on jollain tavalla osallisena geenien säätelyssä, esimerkiksi geenipromoottorien muodossa. Toisaalta muistettakoon, että kasvien DNA:t voivat vaihdella minimalistisesta genomista hyvinkin suuria määriä ylimää- räistä DNA:ta sisältäviin genomeihin. Toisen romu on toisen aarre.
Sebastian Landor
Artikkeli 1. Ihmisen parechovirukset, Pirjo Merilahti (FM)
Syöpäsoluille tyypillinen voimakas jakaanIhmisen parechovirukset muodostavat pikornaviruksiin kuuluvan virusryhmän, jonka kliininen merkitys erityisesti lapsipotilaiden infektioissa on lisääntynyt viime vuosina merkittävästi. Parechovirusten on osoitettu olevan merkittäviä taudinaiheuttajia erityisesti vastasyntyneillä, joilla ne aiheuttavat muun muassa vakavia keskushermostoinfektioita. Epidemiologiset tutkimukset ovat osoittaneet, että lähes kaikki ihmiset kokevat parechoviruksen aiheuttaman infektion vähintään kerran ennen viiden vuoden ikää. Parechoviruksia vastaan ei ole lääkkeitä eikä rokotteita. Tällä hetkellä tunnetaan 16 erilaista parechovirustyyppiä, joista ainoastaan ihmisen parechovirus 1:n (HPeV-1) infektiobiologiaa on tutkittu solutasolla.
Artikkeli 2. Bakteriofagit luovat tehokkaampia bakteereja, Sami Kurkinen (LuK) ja Elina Laanto (FM)
Bakteriofagit eli faagit ovat bakteereja infektoivia viruksia, jotka tarttuvat spesifisesti isäntäänsä ja ruiskuttavat genominsa sen sisälle. Tämän jälkeen faagi aloittaa joko lyyttisen elinkierron lopulta tuhoten isäntänsä samalla vapauttaen uusia viruksia ympäristöön tai lysogeenisen elinkierron liittyen isäntänsä genomiin profagiksi. Profagit vaikuttavat horisontaalisen geeninsiirron kautta isäntäbakteerinsa elinkelpoisuuteen, patogeenisen bakteerin tapauksessa taudinaiheuttamiskykyyn eli virulenssiin, monin tavoin. Tässä artikkelissa profagien merkitystä bakteerien virulenssiin tarkastellaan lähinnä lysogeenisen konversion, eli geneettisen tiedon siirtämisen, kannalta. Profagit sisältävät itselleen yhdentekeviä, mutta isännälleen tärkeitä geenejä, joista käytetään termiä ”moron”. Nämä tuovat isännälleen lukuisia etuja, jotka liittyvät mm. myrkkyjen tuotantoon ja elimistön immuunipuolustuksen häirintään. Viime vuosikymmeninä faagien on huomattu olevan varsin suuressa roolissa patogeenisten bakteerien virulenssissa, ja näiden vuorovaikutusten ymmärtäminen on havaittu tärkeäksi esimerkiksi uusia hoitokeinoja kehiteltäessä ja bakteerien evoluution ymmärtämisessä.
Artikkeli 3. Proteiini-proteiinivuorovaikutusten inhiboinnin mahdollisuudet syövän hoidossa, Linda Kauppinen (LuK), Sanna Niinivehmas (FM)
Proteiinien väliset vuorovaikutukset ovat tärkeitä solun normaalin toiminnan kannalta. Ihmisellä näitä on yli 375 000. Monissa solujen virhetiloissa, kuten syövässä, jokin vuorovaikutus on muuttunut normaalista poikkeavaksi, minkä takia viime vuosikymmenten aikana on alettu kehittämään pienmolekyylejä inhiboimaan näitä vuorovaikutuksia. Näin on löydetty uusia lääkeaineita mm. syövän ja elinsiirrännäisten hylkimisen hoitoon. Tästä on esimerkkinä Bcl-2-proteiiniperheen proteiini-proteiinivuorovaikutukset, jotka virheellisinä joissakin syöpäsoluissa estävät solujen apoptoottisen kuoleman.
