Vuoden 2019 toisessa numerossa on mukana Jukka Westermarckin (syöpätutkija, lääkäri, syöpäbiologian professori ja tutkimusjohtaja, Turun yliopisto) haastattelu, kuukauden solubiologi Johanna Tuomela (solubiologian dosentti, ryhmänjohtaja, yliopistonlehtori, Turun yliopisto), Anu Kauppisen immuno-oftamologian tutkimusryhmän esittely (Itä-Suomen yliopisto), Mari Björkmanin ”Solubiologina lääketeollisuudessa” kolumni sekä asiaa seeprakalasta ja jobitista!
Saammeko esitellä ensimmäisen, uudistuneen Solubiologi-lehden! Uusi taittajamme Joanna Pylvänäinen on tehnyt erinomaista työtä! Joannan portfolioon voi käydä tutustumassa osoitteessa: http://www.imagenis.fi/en/about/
Odotellessamme ensimmäisen, uudistuneen Solubiologi-lehden ilmestymistä, päätimme haastatella uutta lehden päätoimittajaa, Jenny Joutsenta:
Moikka Jenny! Kertoisitko vähän itsestäsi ja siitä, miten olet päätynyt Solubiologi-lehden päätoimittajaksi?
”Heippa! Olen Jenny Joutsen, 34-vuotias solubiologi Turusta. Alun perin olen kotoisin Perämeren rannalta Kemistä, josta muutin Turkuun vuonna 2004 opiskelemaan biologiaa Turun yliopistoon. Tällä hetkellä työskentelen Åbo Akademin solubiologian osastolla ja tutkin lämpösokkitekijöitä ja solustressiä. Päädyin Solubiologi-lehden päätoimittajaksi edellisen päätoimittajan Sebastian Landorin sekä yhdistyksen puheenjohtajan Elina Siljamäen pyynnöstä. Pidän paljon kirjoittamisesta ja tekstien lukemisesta, joten ajattelin että tässäpä oiva mahdollisuus kehittää molempia taitoja. Vapaa-aikanani luen paljon sanomalehtiä ja kirjoja, retkeilen perheeni kanssa luonnossa ja haaveilen Arktisen tutkimuskeskuksen perustamisesta.”
Solubiologi-lehti on uudistunut toden teolla, ja odotamme uuden kevään numeron ilmestymistä kovasti. Miten kuvailisit lehteämme lyhyesti jäsenyyttämme harkitseville, jotka eivät lehteämme ennestään tunne?
”Lehti on tosiaan käynyt tänä keväänä läpi mittavan uudistuksen, josta kiitän suuresti uutta taittajaamme Joanna Pylvänäistä. Sisällöllisesti lehdessä on nyt enemmän lyhyitä tekstiosioita, kuten kolumni sekä kuukauden solubiologin esittely, joiden kautta lehteen on aiempaa helpompi tutustua. Huomattavaa myös on, että lehdessä julkaistaan ainoastaan suomen- ja ruotsinkielisiä artikkeleita, minkä vuoksi se on erityisen tärkeä osa kotimaista solubiologista ammattikirjallisuutta.”
Mikä on sinun mielestäsi parasta uudistuneessa lehdessämme?
”Ajankohtaiset tiedeuutiset, houkutteleva artikkelikokonaisuus sekä taidokas ja nykyaikainen ilme.”
Olemme julkaisseet lehdessämme mielellämme myös opinnäytetöitä. Ovatko opiskelijoiden kirjoittamat artikkelit edelleen tervetulleita uudistuneeseen Solubiologiin? Saako artikkeleista edelleen kirjoituspalkkion?
”Ehdottomasti kyllä! Olen henkilökohtaisesti pyrkinyt kannustamaan juuri opiskelijoita kirjoittamaan artikkeleita lehteemme, sillä mielestäni kirjoittamista ei voi koskaan harjoitella liikaa. Kattavasta julkaisuluettelosta on runsaasti hyötyä myös esimerkiksi jatko-opinnoissa, joten artikkeleiden kirjoittamisesta on taatusti etua myös ihan käytännön tasolla. Jokaisesta kirjoitetusta artikkelista saa 100 e suuruisen kirjoituspalkkion.”
Onko sinulla mielessäsi vielä joitain visioita, joita haluaisit lähteä toteuttamaan lehdessämme toimituskunnan kanssa?
”Visioita on aina! Suurin ja pitkäaikaisin tavoitteeni on lisätä lehden levikkiä sekä julkaisumäärää. Tällä hetkellä lehti ilmestyy vain kaksi kertaa vuodessa, minkä toivoisin tuplaantuvan tulevina vuosina. Hieman pienemmät visiot liittyvät pääasiassa lehden sisältöosuuksiin. Haluaisin muun muassa lisätä lehteen osion, jossa kuultaisiin alan professoreiden mielipiteitä ajankohtaisista asioista. Tällainen ”Proffan suusta” -palsta pyritäänkin saamaan vielä ensi syksynä julkaistavaan numeroon. Uskon että mielenkiintoisella ja ajankohtaisella sisällöllä pystymme lisäämään lehtemme lukijamäärää.”
Mitä odotat tulevilta päätoimittajavuosilta?
”Tulevaisuudelta odotan erityisesti uuden oppimista, mielenkiintoisia tekstejä sekä visioiden toteutumista. Olen jo nyt saanut tutustua lukuisaan joukkoon uusia taitavia ihmisiä, minkä toivon jatkuvan tulevaisuudessakin!”
Vihdoin pääsemme ylpeänä kertomaan, mitä jäsenlehtemme toimituksessa on viime aikoina puuhailtu: Solubiologi-lehti on uudistunut täysin ilmettään ja sisältöään myöten! Kevään numerossa on luvassa mm. yhdistyksen 45-vuotisjuhlakooste, kolumni, kuukauden solubiologi ja kattava artikkeli solumekaniikan tutkimusmenetelmistä. Tätä jos mitä kannattaa odottaa, uudistunut lehti näyttää nimittäin todella hyvältä! Ennen painoon lähtöä on jäljellä enää muutama loppusilaus, joten uusi Solubiologi on pian postiluukussasi!
Solubiologi-lehden toimituskunta piti vuosittaisen kokouksensa 1.2.2019 Turussa. Tehokkaan parituntisen aikana ideoitiin päätoimittaja Jenny Joutsenen johdolla mm. lehden sisältöön ja ulkoasuun liittyviä uudistuksia, jotka tulette näkemään vielä tämän vuoden aikana. Paljon uutta on tulossa!
Oletko kiinnostunut tieteellisestä kirjoittamisesta? Kaksi kertaa vuodessa ilmestyvä Solubiologi-lehti etsii uutta toimittajaa Oulusta! Kiinnostuneet voivat ottaa yhteyttä lehden päätoimittajaan, Jenny Joutseneen, jenny.joutsen@abo.fi!
Suomen kesä on alkanut erittäin lämpimästi ja kesän tuloon liittyy tietysti myös vuoden ensimmäinen Solubiologi. Tämän vuotisen kevään numeron aloittaa Marjaana Parikainen, joka avartaa meille kollageeni I:stä sitovan α2β1-integriinin roolia eturauhassyövässä, ja tämän vaikutusta geeniekspressioon ja invaasioon. Seuraavaksi Teemu Syrjälä kertoo meille brominoituneista palonestoaineista ja niiden vaikutuksista syöttösoluihin. Tämänkertaisen tietopaketin päättää Moona Huttusen ulkomaankirjeenvaihtotervehdys, jossa käydään läpi hänen jo kolme vuotta kestäneitä seikkailuitaan Lontoossa University Collegessa, Englannissa.
Tänä kesänä saimme mahdollisuuden lähteä laboratorioryhmän kanssa joukolla Suomea pakoon vierailulle TuE:hen (Technische Universiteit Eindhoven) Eindhoveniin, Hollantiin, jossa tapasimme ryhmänjohtajamme Cecilia Sahlgrenin toisen ryhmän tiimiläisiä. Ahkerana professorina Cecilia pyörittää siis kahta kokonaisuutta, ja olihan se mielenkiintoista päästä tutustumaan teknillisen yliopiston työtapoihin ja tekniikkoihin. Tämä alunperin 1956 perustettu yliopisto kouluttaa pääasiassa insinöörejä teknologian alalla, mutta solu- ja kudostekniikan ja mikrofabrikoinnin laboratoriot yhdistävät solubiologiaa ja biotekniikkaa. Yhteistyö insinöörien ja solubiologien välillä on tärkeässä asemassa TuE:ssa, kun kehitetään esimerkiksi keinotekoisia sydänläppiä tai mikrosiruja, joilla halutaan simuloida erilaisia olosuhteita, joihin solut voivat joutua. Lopullisena päämääränä on kehittää niin sanottuja organ-on-a-chip –menetelmiä, joilla voitaisiin simuloida kokonaisia elimiä pienoismallissa.
Tämä jäänee omalta osaltani päätoimittajuuteni viimeiseksi Solubiologi-lehdeksi, koska syksyllä puikkoihin tarttuu J.J. Hyvää kesän jatkoa kaikille toivottaa SEb ja koko Solubiologin väki.
– Sebastian Landor
”I am the easy-going doctor who does not need to salute properly. You will find that I am always removing my gloves. The reason for my lab coat being a slightly different color to yours is never explained.”
Erikoistyössä tutkittiin α2-integriinin vaikutusta eturauhassyöpäsolujen geeniekspressioon sekä solujen migraatioon ja invaasioon neljällä α2-integriiniä erilaisesti ilmentävällä DU145-solutyypillä. α2-integriinin havaittiin säätelevän tiettyjen geenien ilmentymistä sekä RNA- että proteiinitasolla mutta se ei vaikuttanut säätelemiensä proteiinien lokalisaatioon solussa. Lisäksi havaittiin, että α2β1-kollageeni I -vuorovaikutus lisäsi solutyyppien välisiä RNA-tason ilmentymiseroja suurimmalla osalla tutkituista 12 geenistä, minkä perusteella α2-integriinin aktivoituminen ja signalointi ligandivuorovaikutuksessa säätelee näiden geenien ilmentymistä. α2-integriiniä ilmentävät solut invasoivat enemmän Matrigeeliin ja kollageeni I:een kuin α2-integriiniä ilmentämättömät solut. Tulosten perusteella α2β1-integriiniin kohdentuvaa syöpähoitoa voitaisiin mahdollisesti hyödyntää eturauhassyövän luumetastaasien estämiseen.
2. Artikkeli. The effects of some common brominated flame retardants (bfrs) on cell degranulation and cell viability in a mast cell line, Teemu Syrjälä (Biomedical Laboratory Scientist, Bachelor of Health Care; EQF6)
The aim of this study was to investigate the effects of two commonly used brominated flame retardants, tetrabromobisphenol A (TBBPA) and hexabromocyclododecane (HBCD), on degranulation and viability of a mast cell line RBL-2H3. Assays measuring and monitoring cell viability and the release of inflammatory proteins via degranulation were developed. The results showed that both TBBPA and HBCD cause substantial cell death over a long-term exposure in vitro. Both compounds caused some degranulation of the cells, although the results from HBCD turned out to be quite modest compared to those gotten from TBBPA. TBBPA greatly induced cell death by apoptosis while only a very small degree of necrotic cell death was observed. While the degree of necrosis caused by HBCD remains unknown, it was shown to also induce apoptotic cell death at least to some extent. The study concludes that TBBPA, based on the results, does seem to be a mast cell sensitizing agent. HBCD has great potential to have similar effects, although this requires further research.
3. Artikkeli. Ulkomaankirjeenvaihtaja, London University College (UCL) Englanti, Moona Huttunen (FT)
Tämän vuoden Solubiologi-lehti ilmestyy vain kerran, ja tarjoammekin nyt Suomi 100 -hengessä monipuolisen erikoisnumeron pakattuna
täyteen hyvinkin ajankohtaista asiaa.
Lehden aloittaa Kirsi Rilla, joka laajentaa tietoisuuttamme solunulkoisten vesikkelien muodossa.
Artikkelissa Kirsi kuvailee näiden ekstrasellulaaristen vesikkeleiden toimintaa solujenvälisinä viestinviejinä, sekä niiden käyttöä biomarkkerina eri patologisissa tilanteissa. Konsta Kukkonen vuorostaan kuvailee meille kokogenomin CRISPR-seulonnat, joissa määrätyn fenotyypin aiheuttama genotyyppi voidaan määrittää. Seuraavaksi saamme tujauksen syöpätutkimusta, kun Mauro Scaravilli luo meille lujatekoisen yleisnäkemyksen mikroRNAsta syövässä.
Olemme tähän numeroon myös onnistuneet saamaan Euro-Bioimaging projektimanageri Pasi Kankaanpään artikkelin, jossa hän esittelee teille Euroopassa jo suureksi kasvaneen Euro-Bioimaging kuvantamisverkoston. Tätä jatkuvasti kehittyvää infrastuktuuria johdetaan Suomen Turusta käsin ja yhteistyötä tehdään jo nyt myös maailmanlaajuisesti niin kutsutussa Global Bioimaging toimintahaarassa.
Kaiken tämän jännittävyyden lisäksi tässä numerossa alkaa myös uusiutuva osio nimeltään ulkomaankirjeenvaihtajan kuulumiset, jonka potkaisee käyntiin meidän oma Sira Karvinen. Jutussa Sira kertoo tohtorintutkinnon jälkeisestä seikkailustaan Atlantin tuolla puolen Minnesotan yliopistossa. Jatkossa pyrimme myös julkaisemaan tasaisin väliajoin mielenkiintoisia tarinoita solubiologien ulkomaanvaihto- tai työkokemuksista. Kehotamme siis täten ulkomailla vaihto-opiskeluaikaa tai työjaksoa suorittavia lukijoitamme rohkeasti ottamaan yhteyttä, mikäli jutun kirjoittaminen Solubiologi-lehteen kiinnostaa.
Mielenkiintoisia ja jännittäviä lukuhetkiä sekä mukavia joulunodotuksia toivottaa koko Solubiologi-tonttuporukka!
Tuntematon tutkija – Sebastian Landor
Artikkeli 1. Solunulkoiset vesikkelit – uudet solujen väliset viestijät, Kirsi Rilla (FT, dosentti, akatemiatutkija)
Solunulkoiset vesikkelit ovat tällä hetkellä yksi kiivaimmin tutkittuja kohteita solubiologian ja biolääketieteen alalla. Solunulkoiset vesikkelit ovat solujen ympäristöönsä erittämiä kalvorakkuloita, jotka kantavat isäntäsolusta peräisin olevia molekyylejä. Niitä erittyy useimmista elimistön soluista soluväliaineeseen ja kaikkiin elimistön nesteisiin, jossa ne toimivat viesteinä solujen välillä. Niiden mahdollinen hyödyntäminen biomarkkereina on erityisen kiinnostuksen kohteena.
CRISPR-Cas9 menetelmä on viime vuosina osoittautunut tehokkaaksi työkaluksi toiminnallisissa tutkimuksissa. Tarkkaan valikoitujen kohteiden muokkauksen lisäksi sitä voidaan hyödyntää myös genominlaajuisissa seulonnoissa, joissa etsitään tunnetun fenotyypin aiheuttavaa geeniä tai geenejä hiljentämällä solumaljalla kaikkia geenejä samanaikaisesti eri soluissa. RNA-interferenssistä poiketen CRISPR-Cas9:n perustuvalla teknologialla voidaan saavuttaa täydellinen ja peruuttamaton geenin hiljeneminen. Lisäksi Cas9:n entsyymin muokattavuus mahdollistaa myös geenien aktivaation, tämänkin genomin laajuisena.
Artikkeli 3. microRNAs and cancer, Mauro Scaravilli (Ph.D.)
microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules, 20-23 nucleotides long, involved in the regulation of gene expression. Recent studies have shown that miRNAs are implicated in human diseases, including cancer. They have been found to be differentially expressed in several malignancies compared to normal tissues and can affect the expression of oncogenes and tumor suppressors. The stability of these small RNAs and the development of more specific detection technologies make them also ideal candidate for the discovery of new cancer biomarkers.
Artikkeli 4. Euro-BioImaging – Suomen johtama uusi kuvantamispalveluiden verkosto, Pasi Kankaanpää (FT, Project manager, Euro-BioImaging)
Eurooppaan on syntynyt uusi kansainvälinen verkosto, Euro-BioImaging, joka tarjoaa tutkijoille avoimen pääsyn lukuisiin huipputason
biologisiin ja lääketieteellisiin kuvantamiskeskuksiin ympäri Euroopan. Suomi ja Turku on valittu johtamaan koko infrastuktuuria ja kehittämään sen sydämenä toimivaa web-portaalia. Euro-BioImaging on vasta rakenteilla, mutta kuka tahansa voi jo nyt päästä käyttämään jotakin sen 28:sta palvelukeskuksesta. Suomessa on johtokeskuksen ohella yksi verkoston halutuimmista palvelukeskuksista. Euro-BioImagingin toiminta on aktiivisesti kasvamassa maailmanlaajuiseksi.
Jälleen kerran viruspainotteisen teemanumeron kunniaksi heitän heti aluksi pienen aivopähkinän ja ehdotan, että lukijat mietiskelevät hetken ovatko virukset oikeasti eläviä vai niin sanotusti kuolleita partikkeleita? Tämä kysymys jakaa mielipiteitä jopa itse virustutkimuksen alalla ja riippuen siitä mitä elämän kriteereitä tarkastellaan, virukset voidaan jakaa periaatteessa molempiin kategorioihin. Tämän teemanumeron aloitamme Janne Tynellin artikkelilla, jossa tutkimme influenssa A -viruksen vaikutusta isäntäsolujen tumakuljetukseen. Johanna Matilainen puolestaan kuvailee meille aggresomien muodostumista CVB3-infektioiden yhteydessä, ja Johanna Viiliäinen käyttää herpesvirusten ja ihmissolujen vuorovaikutusta oppaana syövän syntymekanismien metsästyksessä. Lopuksi Merja Helenius kertoo meille tutkijoiden immateriaalioikeuksista.
Marraskuussa tiedemaailmaa on järisyttänyt Donald Trumpin valinta seuraavaksi USA:n presidentiksi. Tiedeyhteisö on saanut seurata kauhunsekaisin tuntein tieteenvastaisen Trumpin lausahduksia, joissa hän välinpitämättömästi kieltää tunnettuja tieteen faktoja. Kohutuin näistä on tietenkin Trumpin näkemys ilmaston lämpenemisestä kiinalaisten orkestroimana huijauksena. Luonnollisesti seuraavaksi Environmental Protection Agency (EPA) – viraston johtajaksi Trumpin aikakaudella on povattu ilmastoskeptikko Myron Ebelliä. Varapresidentiksi valittu Mike Pence puolestaan on konservatiivinen kreationisti, joka ei usko evoluutioon. Seuraava Yhdysvaltojen administraatio voi siis seuraavan 4 vuoden aikana vaikuttaa hyvinkin negatiivisesti tieteeseen ja ilmastoon.
Toisella saralla, ilmastonmuutosta vastaan taisteleva Elon Muskin johtama sähköautojen valmistaja Tesla on hankkinut SolarCity-aurinkopaneelivalmistajan tehden näin Teslasta ensimmäisen kokonaan uusiutuvaa energiaa tarjoavan energiayhtiön. Näin ollen Tesla voi tarjota asiakkaille uusiutuvaa energiaa niin kotiin kuin autoonkin, taistellen näin ilmastonmuutosta vastaan.
Hyvää Joulua toivottaa koko Solubiologi-lehden väki!
Sebastian Landor
Artikkeli 1. Influenssa A -virus ottaa haltuunsa isäntäsolun tumakuljetuskoneiston, Janne Tynell (FT)
Influenssa A -virus on siinä mielessä poikkeuksellinen RNA-virus, että sen replikaatio tapahtuu isäntäsolun tumassa. Viruksen ribonukleoproteiinikompleksien lisäksi useat virusproteiinit kuljetetaan infektion aikana tumaan ja osa niistä myös kuljetetaan aktiivisesti ulos tumasta. Yksi näistä tuman ja soluliman välillä sukkuloivista proteiineista on NS1, jolla on merkittäviä toimintoja sekä tumassa että solulimassa. Tässä artikkelissa käsitellään tapoja, joilla influenssa A -virus hyödyntää ja estää isäntäsolun tumakuljetuskoneiston toimintaa, käyttäen esimerkkinä NS1-proteiinia. Artikkeli pohjautuu kesällä hyväksyttyyn väitöskirjaani ’Virushost interactions of emerging respiratory pathogens’.
Artikkeli 2. Aggresomireitin aktivoituminen Coxsackievirus B3 -infektiossa, Johanna Matilainen (LuK)
Aggresomin muodostuminen on yksi solun puolustusmekanismeista, joka pyrkii estä- mään proteiinien haitallisen aggregoitumisen solulimassa. Aikaisemmat kokeet ovat näyttäneet, että ihmisen enterovirusinfektio aiheuttaa muutoksia vimentiinissä, tyypin III välikokoisessa filamentissa (Turkki ym., julkaisematon data). Nämä muutokset ovat hyvin samankaltaisia aggresomin muodostumisen aikana tapahtuvien muutoksien kanssa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää mahdollisen aggresomin muodostumisreitin aktivoituminen Coxsackievirus B3 (CVB3) -infektiossa ja hypoteesimme oli, että häkkimäisten vimentiinirakenteiden muodostumisen lisäksi myös muita aggresomin muodostumisreitin aktivoitumiseen yhdistettyjä tapahtumia voidaan havaita CVB3-infektoiduissa soluissa. Tutkimme työssä näitä aggresomin muodostumiseen liittyviä solumuutoksia infektoiduissa soluissa käyttämällä immunofluoresenssivärjäystekniikoita ja konfokaalimikroskopiaa. Tuloksemme osoittivat, että CVB3- infektio aiheuttaa häkkimäisen vimentiinirakenteen muodostumisen. Infektio aiheuttaa lisäksi suuria rakenteellisia muutoksia solulimakalvostoon (ER) ja Golgin laitteeseen, sekä ubikitiinin ja lämpöshokki (Hsp) 70 -proteiinin siirtymisen perinukleaariseen tilaan. Tuloksemme viittaavat siihen, että aggresomireitti voi aktivoitua CVB3- infektiossa. Tietojemme mukaan aggresomireitin aktivoitumista ei ole aikaisemmin osoitettu tapahtuvan enterovirusten aiheuttamien infektioiden aikana. Vaikka enteroviruksia on tutkittu kauan, niiden lisääntymiskierron kaikkia eri vaiheita ei tunneta täysin. Tutkimuksemme tulokset tarjoavat uutta tietoa enterovirus-isäntäsolu -vuorovaikutuksista.
Artikkeli 3. Onkogeenisen herpesviruksen ja ihmissolun vuorovaikutus oppaana syövän syntymekanismien löytymisessä, Johanna Viiliäinen (FM väit.)
On arvioitu, että jopa 15 % syövistä olisi virusinfektioiden aiheuttamia. Syöpää aiheuttavia viruksia tunnetaan useita kuten esimerkiksi ihmisen papilloomavirus, jonka tietyt alatyypit aiheuttavat kohdunkaulan syöpää. Tai Kaposin sarkooma herpesvirus, jonka infektio voi johtaa Kaposin sarkooman syntymiseen immuunipuutteisilla yksilöillä. Nämä tuumorivirukset ovat oppineet pitkän yhteiselon myötä enemmän solubiologiasta kuin kaikki maailman tutkijat yhteensä ja toimivat siten arvokkaina työkaluina uusien syövän syntymekanismien selvittämisessä. Sen vuoksi on tärkeää tutkia kuinka tuumorivirus ja isäntäsolu ovat vuorovaikutuksessa ja erityisesti kuinka virukset ovat oppineet hyödyntämään solun mekanismeja mahdollistaakseen oman elämänsyklinsä.
Artikkeli 4. Biolääketieteen tutkija ja immateriaalioikeudet, Merja Helenius (FT)
Immateriaalioikeudet ovat aineettomia oikeuksia ja yleensä yksinoikeuksia. Usein suojan kohteella on taloudellista arvoa oikeuden haltijalle, joka voi luovuttaa tämän oikeuden toiselle korvausta vastaan ja myös hakea vahingonkorvausta oikeutta loukanneelta osapuolelta. Biolääketieteen tutkijalle merkittäviä niistä ovat varsinkin tekijänoikeus ja keksintöä suojaava patentti.
