Ajankohtaista

Bioinformaatikko-ohjelmoija – PrecisionPhage

4.5.2024

Startup-yritys PrecisionPhage etsii bioinformaatikko-ohjelmoijaa Phagenomics-palvelun (www.phagenomics.net) faagituotantotyökalujen kehittämiseen, ja jatkossa muihin kehitysprojekteihin. Faagit ovat bakteereita infektoivia viruksia, ja niitä voidaan käyttää antibioottiresistenttien bakteeri-infektioiden hoitamiseen. Faageilla ja niiden tuottamiseen käytettävillä bakteereilla on perimä, joiden molempien analysoimiseen tarvitaan välineitä GMP-tasoisen tuotannon eri vaiheissa (pystytys/laadunvalvonta). Tarvitsisimme sopivaa ohjelmointia ja perusbioinformatiikkaa osaavaa henkilöä tutkimus- ja kehityshankkeeseen.

Olennaista olisi ymmärtää Pythonia ja bash/shell skriptausta. Kokemus Snakemake tai NextFlow pipelineista on eduksi. Bioinformatiikan osalta perimän kokoaminen raakareadeista, geenien ja muiden ominaisuuksien annotointi, alignmentit (linjaukset) ja erilaiset mutaatioanalyysit olisi hyvä ymmärtää. Kirjastojen, kuten esimerkiksi BioPythonin, osaaminen on myös hyvä hallita. Kaikkea ei luonnollisestikaan tarvitse osata vaan tekemisen meininki, kyky oppia uutta ja soveltaa vanhaa ovat ominaisuuksia, joilla rento mutta päämäärätietoinen kehitystyö onnistuu.

Jos koet, että sinulta löytyy ainakin osittain tarvittavaa tietotaitoa ja työpaikka nopeasti kehittyvällä alalla voisi kiinnostaa, niin lähetä vapaamuotoinen kuvaus itsestäsi osoitteeseen matti.jalasvuori@precisionphage.com. Lisätietoja saa myös samasta osoitteesta. Saa myös vinkata, jos tunnet sopivia ihmisiä. Palkkaus hyvin kilpailukykyinen, mutta tietysti osaamiseen ja työn aikana näyttöihin pohjautuva. 

—

PrecisionPhage is an evolving startup company in a field that revolves (mainly) around bacteriophages, bacteria and antibiotic resistance. We are collaborating with international parties that work in phage therapy, phage production and AI. We have recently launched an online platform that makes the complicated phage analyses easy to everyone (www.phagenomics.net). We are currently developing new features within the production-line tools of Phagenomics.

A potential candidate has a decent or strong foundation in Python and bash/shell scripting, as well as experience working with Snakemake or NextFlow pipeline environments. Familiarity with genome assembly, annotation, alignments, and variant calling using the command line is essential, along with the ability to create custom parsers for outputs from 3rd party programs and to write your own programs using libraries such as BioPython.

Experience with the following is required:

• Python
• Bash/shell scripting
• Familiarity with genome assembly, annotation, alignments, variant calling and other basic genomics skills
• Familiarity with relevant bioinformatics file formats (e.g., FASTA, FASTQ, BAM, VCF)
• Ability to create custom parsers for outputs from 3rd party programs
• Ability to create your own custom Python based bioinformatic software
• Ability to incorporate the above to a Snakemake based pipeline

Considered an advantage:

• Knowledge of the Pandas library
• Familiarity with version control systems (e.g., Git, GitHub)

Send a description of your experience and knowhow to matti.jalasvuori@precisionphage.com if you are interested in working in a rapidly evolving field. More information from the same address.