Ajankohtaista

Technical assistant – Extracellular Vesicle group (Pia Siljander), Molecular and Integrative Biosciences research program, University of Helsinki

An enthusiastic and goal-oriented technical assistant is sought to the Extracellular Vesicle group of Pia Siljander in the Molecular and Integrative Biosciences research program, University of Helsinki, located in Viikki. Part of the project may also be carried out in the Institute of Molecular Medicine Finland, Helsinki. Our laboratory, which also hosts a dedicated EV Core facility, specializes in cutting-edge EV technologies and research.

Projects and responsibilities

We have two ongoing interlinked projects funded by Business Finland where we need technical assistance for the development of EV isolation and analytical technologies and standardization. The laboratory work in project one involves testing of a new technology to carry out high-throughput isolations of EVs from plasma by testing different conditions, plate formats and automatization in comparison to existing methods. The quality of the isolates will be evaluated by EV methodologies (including flow cytometry), through omics testing and usual molecular biology methods. The work also involves analysis of EV samples originating in the second project by the technologies available in the EV group and core and through the other project participants. This project also develops standardization for flow cytometry and materials for standardization.

Qualifications

A successful candidate has good skills in the essential molecular biology, cell culture and biochemistry techniques, e.g. Western blotting and working with multi-well assays. We value prior experience in flow cytometry, data management and data analysis. The successful candidate has an active approach to addressing lab needs, keeps meticulous records of the experimentation and is a dedicated team player with excellent self-management skills.

Salary, applications and contact information

Position will be available 10.2.-31.12.2020. The start date can be set according to agreement, but preference will be given to candidates who can start as early as possible. Salary will be based on the University salary scheme depending on the degree/work experience.

Position will be filled as soon as a suitable candidate is found.

Applications should have a cover letter describing the qualifications of the candidate, CV and two references from past employment and be sent to maija.puhka@helsinki.fi and pia.siljander@helsinki.fi.

PhD student position available in the Kidney development lab located in Meilahti campus at HiLIFE, University of Helsinki

The projects focus on studying stem / progenitor cell biology developing kidney and aim to understand causes of congenital renal malformations in humans.

Our group studies renal development with the help of different genetically modified mouse models and different in vitro culture systems. We are specifically interested in understanding how kidney growth through ureteric bud branching morphogenesis is regulated and which kind of cellular events drive its complex pattern. Our projects also explore how growth factor induced signaling controls nephron progenitors during their self-renewal and differentiation into the functional units of the kidneys, the nephrons.

All applicants with genuine interest in developmental and stem cell biology are encouraged to submit a motivation letter, CV and possibly reference letter (if applicable) to satu.kuure(at)helsinki.fi before the deadline on February 28, 2020.

For further information, see Kuure lab or contact the group leader Satu Kuure (satu.kuure(at)helsinki.fi , +358 2941 59395).

Selected publications:

Takko, H., Pajanoja, C., Kurtzeborn, K, Hsin, J., Kuure, S. and Kerosuo, L. ShapeMetrics: a userfriendly pipeline for 3D cell segmentation and spatial tissue analysis Dev. Biol., Conditionally accepted.

Kuure, S. Sariola, H. Mouse models of congenital kidney anomalies. Chapter 5 in book Animal models of human birth defects, Springer Nature Singapore Pte Ltd. In press.

Dapkunas A, Rantanen V, Gui Y, Lalowski M, Sainio K, Kuure S, Sariola H. Simple 3D culture of dissociated kidney mesenchyme mimics nephron progenitor niche and facilitates nephrogenesis Wnt-independently. Sci Rep. 2019 9(1):13433.

Kurtzeborn, K., Kwon, H.N., Kuure, S. 2019. MAPK/ERK signaling in regulation of renal differentiation. Int J Mol Sci. 2019 20(7).

Li, H., Jakobson, M., Ola, R., Gui, Y., Kumar, A., Sipilä, P., Sariola, H., Kuure, S*. Andressoo, J-O*. 2019. Development of the urogenital system is regulated via the 3’UTR of GDNF. Sci Rep, 9(1):5302.

Zhang, H., Bagherie-Lachidan, M., Badouel, C., Enderle, L., Peidis, P., Bremner, R., Kuure, S., Jain, S., McNeill, H. 2019. FAT4 fine-tunes kidney development by regulating RET signaling. Dev Cell, 48(6):780-792.e4.

Ihermann-Hella, A., Hirashima, T., Kupari, J., Kurtzeborn, K., Li, H., Kwon, H.N., Cebrian, C., Soofi, A., Dapkunas, A., Miinalainen, I., Dressler, G.R., Matsuda, M., Kuure, S. 2018. Dynamic MAPK/ERK Activity Sustains Nephron Progenitors through Niche Regulation and Primes Precursors for Differentiation. Stem Cell Reports, 11(4):912-928.

Postdoctoral Fellow Positions in Epigenetics, human iPS cells, 3D Bioprinting, Cellular Therapies, Hematopoietic Stem Cell Biology, Bioengineering, and Blood Cancers: Columbus, OH, United States

Multiple postdoctoral fellow positions are available in the Dhvanit Shah Laboratory (www.shahlaboratory.org) at the Center for Childhood Cancers and Blood Diseases, Nationwide Children’s Hospital & Ohio State University, Columbus OH, United States. The Shah laboratory provides a dynamic microenvironment that offers excellent opportunities for intellectual exchange and collaborations among investigators from diverse fields. We investigate the origin, development, and differentiation of hematopoietic stem cells (HSCs), and their utility in treating patients with blood and bone marrow diseases. We have expertise in utilizing zebrafish, mice, and human induced pluripotent stem (iPS) cells to analyze novel genes and mechanisms important for blood formation. Our goals are to utilize our knowledge in developing cellular- and mechanism-based therapies as well as generating functional HSCs for the treatment of hematological diseases.

Position # 1: Epigenetics of Hematopoietic Stem Cell Development and Disorders

The ideal candidate will have Ph.D., M.D., or M.D./Ph.D. in Regenerative Medicine, Stem Cells, Immunotherapy, Hematology, Oncology, and/or Biology. This position offers an excellent opportunity to learn and apply skills in epigenetics, directed differentiation of human induced pluripotent stem cells (iPSCs), HSC transplant, xenograft, computational biology, high-throughput screening, gene-editing, and/or molecular and cellular biology techniques.

Position # 2: Bioengineering of 4D or 3D Tissue Scaffold Development

The ideal candidate will have Ph.D., M.D., or M.D./Ph.D. in Tissue Engineering, Biomaterials, Biophysics, Machine Learning, Systems Biology, Chemical Engineering, and/or Drug Development. This position offers an excellent opportunity to learn and apply skills in organoid development, 3D bio-printing, Bio-MEMS, artificial intelligence, microfluidics, proteomics, and/or medicinal chemistry.

Strong background in one or more of these areas is preferred but not required. Qualified candidate should be able to work independently as well as in a group environment.

Interested candidates should send their cover letter, CV, and contact details of three references

to:

Dr. Dhvanit I. Shah

Center for Childhood Cancer & Blood Diseases,

Nationwide Children’s Hospital &

Ohio State University College of Medicine

700 Children’s Drive, WA 5015

Columbus, OH 43205

dshahlab@gmail.com

Job opportunity (computational biologist) at the Clinical Molecular Pathology and Cytology in Solna

The Department of Clinical Pathology and Cytology in Solna is increasing the use of NGS-based analysis. We are therefore looking for a new member of the Clinical Molecular Pathology lab in Solna with knowledge and experience in bioinformatics (computational biologist). The job will focus on establishing and conducting routine diagnostic analyses on clinical material. Tasks will initially focus on analyzing genomic variants in a team setting, but may be expanded to other NGS methods as well. There will be a close collaboration with the Clinical Genomics part of SciLifelab. The job is of indefinite duration (tillsvidareanställning), full time.

More information  or have questions regarding this position, please contact the lab manager Semra Öz Baloglu semra.oz-baloglu@sll.se, preferably within two weeks.

Significant experience / qualifications:

• Practical experience of bioinformatics
• General knowledge in bioinformatics
• Good social skills
• Proficient in English and at least intermediate in Swedish (oral and written)
• Experience working with IGV (integrated genome viewer)
• Some wet-lab experience, including DNA/RNA extraction and PCR

ASIAKKUUS- JA PALVELUJOHTAJA – BIOPANKKIEN OSUUSKUNTA SUOMI, FINBB

https://aresnets.arespartners.fi/jobs/807136-biopankkien-osuuskunta-suomi-finbb-asiakkuus-ja-palvelujohtaja

Biopankkien Osuuskunta Suomi – FINBB on kuuden suurimman sairaanhoitopiirin, kuuden yliopiston ja Suomen valtion (THL) omistama, vuonna 2017 perustettu yritys. Tavoitteenamme on luoda Suomeen kansainvälisesti edistyksellinen biopankki-infrastruktuuri biolääketieteellistä tutkimustoimintaa tehostaen ja lisäten maassamme. Olemme ensimmäisenä Euroopassa kehittäneet yhden luukun periaatteella toimivan Fingenious^® -digitaalisen kansallisen palveluportaalin, mikä on rakennettu palvelemaan akateemisia ja yrityksissä työskenteleviä tutkijoita maailmanlaajuisesti.

Kasvavan organisaatiomme tavoitteena on luoda Suomeen maailman paras biopankkiverkosto hyvinvointia, terveyttä ja tutkimustoimeliaisuutta maassamme lisäten. Tiimimme koostuu tällä hetkellä viidestä huippuammattilaisesta.

Olemme nyt kehittymässä rakentamisvaiheesta kohti kaupallistamisvaihetta ja vahvistamme organisaatiotamme uusilla avainhenkilöillä. Etsimme nyt

biolääketieteellistä markkinaa tuntevaa

ASIAKKUUS- JA PALVELUJOHTAJAA

Tulet vastaamaan asiakkuuksiemme johtamisesta ja koordinoimisesta sekä kansallisesti että kansainvälisesti.  Kehität FINGENIOUS^® -brändin alla toimivia palveluita ja liiketoimintamalleja yhteistyössä organisaatiomme kanssa ja identifioit myös uusia liiketoimintamahdollisuuksia. Sinulla on myös tärkeä rooli palveluidemme kaupallistamisessa ja hinnoittelukäytäntöjemme kehittäjänä.

Odotamme sinulta akateemista loppututkintoa sekä kokemusta biolääketieteellisestä tutkimuksesta ja sen organisoimisesta; kokemus biopankkitoiminnasta ja/tai kansainvälisestä tutkimustoiminnasta on sinulle merkittävä lisäetu. Kokemuksesi kautta ymmärrät hyvin sekä akateemisten että yritysmaailman tutkijoiden tarpeita. Raportoit tehtävässäsi toimitusjohtajalle.

Olet palveluliiketoiminnan ammattilainen ja toimit mielellään asiakasrajapinnassa; olet persoonaltasi liiketoimintalähtöinen ja tuloshakuinen. Olet työssäsi itseohjautuva ja yrittäjähenkinen ja sovellut pieneen ja ketterään organisaatioomme. Olet hankkinut kokemusta kansainvälisestä toiminnasta ja sinulla on erinomainen englannin kielen taito; muu kielitaito on sinulle lisäetu. Olet valmis työssäsi myös matkustamaan. Tehtävän sijoituspaikkana on joko Helsinki tai Turku.  

Tarjoamme Sinulle mahdollisuutta olla rakentamassa maailman parasta biopankkien verkostoa yhdessä partnereidemme ja sitoutuneiden asiantuntijoidemme kanssa.  Suomesta on kehittynyt biopankkitutkimuksen globaali edelläkävijä ja pääset tekemään merkityksellistä työtä, jolla on suuri vaikutus koko Suomen terveydenhoidon ja yksilöllisen lääketieteen tulevaisuuteen.

Tehtävää koskeviin tiedusteluihin vastaa Arespartnersin seniorikonsultti Erkki Levä puh. 040 181 9695. Lähetä hakemuksesi ja CV:si palkkatoivomuksineen osoitteessa https://aresnets.arespartners.fi/ 27.1.2020 mennessä.

TIEDE- JA VIESTINTÄPÄÄLLIKKÖ – BIOPANKKIEN OSUUSKUNTA SUOMI, FINBB

https://aresnets.arespartners.fi/jobs/807128-biopankkien-osuuskunta-suomi-finbb-tiede-ja-viestintapaallikko

Biopankkien Osuuskunta Suomi – FINBB on kuuden suurimman sairaanhoitopiirin, kuuden yliopiston ja Suomen valtion (THL) omistama, vuonna 2017 perustettu yritys. Tavoitteenamme on luoda Suomeen kansainvälisesti edistyksellinen biopankki-infrastruktuuri biolääketieteellistä tutkimustoimintaa tehostaen ja lisäten maassamme. Olemme ensimmäisenä Euroopassa kehittäneet yhden luukun periaatteella toimivan Fingenious^® -digitaalisen kansallisen palveluportaalin, mikä on rakennettu palvelemaan akateemisia ja yrityksissä työskenteleviä tutkijoita maailmanlaajuisesti.

Kasvavan organisaatiomme tavoitteena on luoda Suomeen maailman paras biopankkiverkosto hyvinvointia, terveyttä ja tutkimustoimeliaisuutta maassamme lisäten. Tiimimme koostuu tällä hetkellä viidestä huippuammattilaisesta.

Olemme nyt kehittymässä rakentamisvaiheesta kohti kaupallistamisvaihetta ja vahvistamme organisaatiotamme uusilla avainhenkilöillä.  Etsimme nyt

 TIEDE- JA VIESTINTÄPÄÄLLIKKÖÄ

Tulet vastaamaan FINBB:n sekä jäsenbiopankkiemme biolääketieteellisiin projekteihin liittyvästä viestinnästä sekä kansallisesti että kansainvälisesti. Toimit FINBB:n lääketieteellisenä asiantuntijana sekä FINBB:n että biopankkien edustajana eri kansallisissa tiedeprojekteissa ja työryhmissä; olet myös yhteyshenkilömme eurooppalaiseen biopankkiverkostoon. Olet keskeinen henkilö Suomen biopankkien verkoston rakentamisessa maailmaan parhaaksi. Vastuualueisiisi kuuluu myös lääketieteellisten tutkimussuunnitelmien laatiminen yhdessä asiakkaidemme kanssa. Raportoit tehtävässäsi toimitusjohtajalle.

Odotamme sinulta korkeakoulu- ja mieluiten tohtoritasoista tutkintoa luonnontieteiden tai lääketieteen alalta; tunnet jo entuudestaan biolääketieteellistä tutkimusta ja biopankkimaailmaa Suomessa ja Euroopassa. Kokemuksesi olet hankkinut esim.  tiedeviestinnästä vastaavana tai medical writer -tyyppisistä tehtävistä. 

Sinulla on erinomaiset kansainvälisen tason kommunikointi- ja viestintätaidot ja edustat mielelläsi FINBB:tä mm. eri tiedetapahtumissa Suomessa ja maailmalla. Olet työssäsi itseohjautuva ja yrittäjähenkinen ja sovellut pieneen ja ketterään organisaatioomme. Tehtävä edellyttää jonkin verran matkustamista sekä Suomessa että ulkomailla. Tehtävän sijoituspaikkana on joko Helsinki tai Turku.

Tarjoamme Sinulle mahdollisuutta olla rakentamassa maailman parasta biopankkien verkostoa yhdessä kumppaneidemme ja sitoutuneiden asiantuntijoidemme kanssa.  Suomesta on kehittynyt biopankkitutkimuksen globaali edelläkävijä ja pääset tekemään merkityksellistä työtä, jolla on suuri vaikutus koko Suomen terveydenhoidon ja yksilöllisen lääketieteen tulevaisuuteen.

Tehtävää koskeviin tiedusteluihin vastaa Arespartnersin seniorikonsultti Erkki Levä puh. 040 181 9695. Lähetä hakemuksesi ja CV:si palkkatoivomuksineen osoitteessa https://aresnets.arespartners.fi/ 27.1.2020 mennessä.

PhD positions are available in Molecular Microbiology at Nottingham Trent University

PhD positions are available at Nottingham Trent University. If you are interested in working on autotransporters or other bacterial cell surface components, please contact Jack C. Leo (jack.leo@ntu.ac.uk).

For more information, see https://www.ntu.ac.uk/research/research-degrees-at-ntu/phd-studentships

Postdoctoral Fellow Position in Mu Opioid/Pain research in the Pan laboratory in Department of Neurology and Molecular Pharmacology Program at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center

One postdoctoral fellow position is immediately available in the Pan laboratory in Department of Neurology and Molecular Pharmacology Program at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center. The research in Pan’s lab focuses on molecular and cellular mechanisms of mu opioid actions using state-of-the-art molecular, biochemical, chemical and pharmacological approaches. providing the foundation of developing novel analgesic drugs for pain treatment (see Pharmacol Rev. 65:1257-1317, 2013; J Clin Invest. 125:2626-2630, 2015; J Clin Invest, 127:1561-1573, 2017).

The applicant(s) will participate in one or two of the projects in the following areas:

1) Investigating the mechanisms underlying alternative splicing of the mu opioid receptor gene (OPRM1) and its relevance to opioid pharmacology;

2) Mapping and characterizing mu agonist-induced receptor-protein interactions that contribute to opioid actions;

3) Determining molecular mechanisms of mu opioid-induced tolerance, respiratory depression and reward; and

4) Defining molecular mechanism of the novel analgesic drugs.

The laboratory will also provide a wealth of molecular, biochemical and pharmacological expertise to facilitate both research and career development. Highly-motivated candidates with experience in molecular biology and biochemistry or behavioral pharmacology are encouraged to apply. The positions are fully funded by the grants from NIDA. Salary will be commensurate with qualifications, laboratory experience and institutional guidelines.

Applicants interested in the position should send their curriculum vitae, along with contact information for three references, to Dr. Ying-Xian Pan (pany@mskcc.org).

Open position for a Bioinformatician / Data Manager in the Finnish Health in Teens (Fin-HIT) group, Folkhälsan Research Center, Finland

We are looking for a bioinformatician to look after our database consisting of health, sample, human genome and microbiome data.The position is made available in the Finnish Health in Teens (Fin-HIT) group, which is responsible for conducting a prospective study of 11000 children and their parents (http://www.finhit.fi/). Fin-HIT is based at the Folkhälsan Research Center (https://www.folkhalsan.fi/en/research/ ) which is a part of “Samfundet Folkhälsan i svenska Finland rf”, and which collaborates closely with the University of Helsinki in the Meilahti Campus area. We are collaborating with top researchers and research institutes in the world to improve health and well-being.

Job description
The primary responsibilities of the position include:
• Managing genomic data repositories of variant data (16S rDNA gene sequencing, metagenome sequencing and genotyping chip data)
• Pre-processing and quality control of sequencing variant and genotyping chip data
• Execution and development of bioinformatics pipelines in high performance computing environmentand data analysis
• Managing databases with questionnaire and registry data
• Support research projects by preparing and delivering datasets on time
• Evaluate new methods and solutions to manipulate sequencing data efficiently in distributed computing environments with a focus on data protection
• Ensure data security
Qualification and experience
• Master’s degree in bioinformatics, computational biology, computer sciences, or equivalent
• Previous experience in database management or knowledge in SQL or any other relevant tools is preferred
• Capability to work effortlessly in Linux environment and at least intermediate programming skills
• Skills in statistical programs (R, SPSS) are required
• Solution-seeking, proactive and responsible way of working and keeping deadlines under pressure
• Previous experience with genomics data, data science or distributed computing environments is appreciated but not required – yet ability to learn new things quickly is essential • Any experience in working with omics analysis (transcriptomics, proteomics, metabolomics) will be a plus.
• Experience working in public cloud environment is a plus
• Fluent in spoken and written English, our team is international so Finnish skills are not required

We are looking for a team player to support the multidisciplinary research team. We offer a great opportunity to learn on genomics and health sciences. We are a dynamic, vibrant and highly motivated team. Our working culture is positive, flexible and encouraging.

Salary and contract
The Folkhälsan Research Center follows the collective agreement for the private social service sector. The salary will be based on previous qualifications, experience and performance in the position. A six-month trial period will be applied. The position is available immediately. The contract will be offered for two years, and a possibility to pursue a PhD degree will be considered.

The application should include a cover letter, a CV, and contact information of at least two referees. Please write your application in English and send via email to Heli Viljakainen.

For further information contact group leader Docent Heli Viljakainen, heli.viljakainen(at)helsinki.fi or +358 50 4485660. The deadline for application is January 20th, 2020.

Doctoral Students in Molecular Medicine, Bioinformatics and Artificial Intelligence – FIMM-EMBL & HIIT International PhD Call 2020

In collaboration with the Nordic EMBL Partnership in Molecular Medicine and Helsinki Institute for Information Technology HIIT, FIMM announces the opening of the 2020 call for applications for Doctoral Students in Molecular Medicine, Bioinformatics, and Artificial Intelligence as part of the FIMM-EMBL International PhD recruitment and training program. In this program, outstanding doctoral students are recruited to the institute-level rotation program where they will work with two to three different research groups during a six to nine month period prior to matching to a research group in which they remain for their doctoral studies. The program provides an exciting opportunity to explore different research areas and working environments as well as to learn a variety of science and technologies, making connections within and beyond the institute.

The detailed call announcement can be found on the FIMM Open Positions page. The deadline for applications is 2 February 2020, and application instructions are available within the announcement.