This
opportunity has arisen through Dr. Shintaro Katayama as a junior PI
supported by Jane and Aatos Erkko Foundation. The joint research groups
with Professor Juha Kere are base in the Folkhälsan
Research Center at Helsinki, Research Programs Unit at University of
Helsinki, and Department of Biosciences and Nutrition at Karolinska
Institutet.
The focus of the work is aimed at understanding where and when RNAs are regulated in various human developmental stages [*1] or the cell types [*2] to understand the disease
[*3] or to use the deregulated RNAs for
diagnosis [*4]. For the aim, the groups are willing also to develop new
molecular and/or bioinformatics methods [*5, 6, 7].
As
part of the joint research groups, there is a position available for a
PhD candidate studying RNA (not DNA) editing in human normal epidermal
cells and the model cells using high-throughput
sequencing at Folkhälsan Research Center and University of Helsinki.
The main duties will involve the establishment of a genome-scale
analysis pipeline or tools to map the RNA editing sites in human cells
using a nanopore sequencer as well as computational
analysis of the experimental results. The analysis includes the
integration of the other experimental results using other equipment or
methods to investigate the association between gene expression and RNA
editing.
The
successful candidates should have (or be close to completed) an MSc in
Bioinformatics, Biostatistics, Systems Biology, Computational Biology or
a related field. Experiences of an open-source
software package development will be plus. Applicants interested in any
of the above research areas will be considered.
Please send your application to shintaro.katayama(at)folkhalsan.fi latest Sunday March 15
2020. Please include a brief letter motivating your interest and
goals, a CV (2 pages, specifying your education and expertise in the
topics listed above), and a list of possible previous publications. The
selection processes will be conducted in April
and the post is available from summer 2020. The funds for this position
are available for 24 months in the first instance.
Selected publications:
*1 Töhönen, V. & Katayama, S. et al. Nat Commun6,
8207 (2015).
*2 Hirabayashi, S. & Bhagat, S. et al. Nat Genet51,
1369–1379 (2019).
*3 Katayama, S. & Panelius, J. et al. J. Invest. Dermatol.139, 2058–2061.e4
(2019).
*4 Katayama, S. & Hammar, KS. et al. Eur. Respir. J.55,
1901330 (2020).
*5 Katayama, S. et al. J. Bioinformatics29, 2943–2945
(2013).
*6 Krjutškov, K. & Katayama, S. et al. Hum. Reprod.31,
844–853 (2016).
*7 Katayama, S. et al. BMC Bioinformatics20, 418–9 (2019).
Research Associate/PostDoc/Sr.
Res. Associate positions are available immediately in the Department of
Anesthesiology at the University of Miami Miller Medical School. The
research focuses on the mechanisms of neuropathic
pain and opioid abuse with gene therapy supported by the NIH funded
projects. The positions open to recent PhD and/or MD with background in
molecular biology, histology/imaging, or a related discipline.
Priority to applicants with skills of Animal Surgery of nervous system/pain-related Behavioral Testing/Neuropharmacology, or
Genomic/Epigenetic, Exosome, luciferase assay, ChIP-seq, RNA-seq, gene cloning, DNA damage and repair etc. is given.
Applicants with Master degree and strong background related to this research skill are also available. The title may be changed based on experience. Please send your CV to:
Dr. Hao, Department of Anesthesiology, University of Miami Miller Medical School, Miami, FL 33136. shao@med.miami.edu
Krefting
Research Centre, Institute of Medicine, University of Gothenburg, is
recruiting a post-doctoral researcher for a 2-year contract. Krefting
Research Centre (http://krefting.gu.se)
is a centre funded by the VBG Group Herman
Krefting Foundation for Asthma and Allergy Research. The main research
at the Krefting Research Center focuses on asthma and allergies, and
includes basic inflammation research, clinical
studies and population-based studies. The basis for the research is the
ongoing ”West Sweden Asthma Study”, one of Europe’s largest
population-based studies of asthma that was started in 2008 in Västra
Götaland.
To
qualify as a postdoctoral researcher the applicant should hold a PhD in
a relevant subject. Since postdoctoral constitutes a qualifying
appointment for junior researchers,
we aim to target those who have a doctoral degree not older than 3 years
from the application deadline.
Haemme genetiikan tuotespesialistia Turun, Helsingin tai Tampereen toimipisteeseemme.
Pääasiallisena työtehtävänäsi on laajentuvan genetiikan ja onkologian
valikoimamme tuotteiden myynti, markkinointi ja tuotetuki koko Suomen
alueella, sekä Baltian myyntiorganisaation tukeminen. Asiakaskuntaasi
ovat mm. yliopisto- ja keskussairaaloiden laboratoriot ja osastot,
yksityisen terveydenhuollon palveluntarjoajat sekä yliopistot ja
tutkimuslaitokset. Lisäksi sinulla on työssäsi merkittävä rooli
tuotevalikoimamme sekä asiakassuhteidemme kehittämisessä ja
vahvistamisessa yhteistyössä muun organisaatiomme kanssa.
Odotamme sinulta työtehtäviin soveltuvaa koulutusta (humaani- tai
syöpägenetiikan alan korkeakoulututkinto tai vastaava) ja/tai kokemusta
vastaavista työtehtävistä sekä erityisesti intoa ja halukkuutta
asiakaslähtöiseen kenttätyöhön. Kokemus kliinisen genetiikan
laboratoriossa työskentelystä ja NGS-teknologian käytöstä katsotaan
eduksi. Sinulla on hyvä suomen ja englannin kielen suullinen ja
kirjallinen taito, ruotsin kielen taito on plussaa. Ajokortinkin
tarvitset. Olet valmis matkustamaan kotimaassa ja Baltiassa viikoittain.
Tarjoamme myyntihenkisellä asenteella varustetulle avoimelle ja
sosiaaliselle osaajalle mielenkiintoisen ja haastavan työn reilussa ja
mutkattomassa, töitä tosissaan tekevässä organisaatiossa sekä
kilpailukykyisen palkkauksen ja työsuhde-edut. Tehtävä on määräaikainen
äitiysloman sijaisuus, ja paikka täytetään heti sopivan henkilön
löydyttyä.
Lähetä hakemuksesi, ansioluettelosi ja palkkatoiveesi sähköpostitse 23.2.2020 mennessä osoitteeseen rekry@triolab.fi. Älä suotta aikaile, sillä alamme käydä hakemuksia läpi sitä mukaa, kun niitä tulee.
Lisätietoja antaa Triolab Oy:n myynti- ja markkinointijohtaja Jussi
Kurittu (p. 0400 800 917) – tavoitettavissa varmimmin ti 11.2. ja pe
14.2. klo 13-15.
Triolab Oy on vuonna 1986 perustettu korkealaatuisten
diagnostiikka- ja tutkimustuotteiden myyntiin, tuotetukeen ja huoltoon
erikoistunut asiantuntijayritys. Meillä työskentelee yli 40 alan
ammattilaista. Triolabin pääkonttori ja varasto sijaitsevat Turussa. Sen
lisäksi meillä on aluetoimistot Helsingissä ja Tampereella. Yrityksemme
kuuluu 600 ammattilaisen pörssinoteerattuun AddLife-konserniin, jonka
päämarkkina-alue on Pohjoismaat.
An enthusiastic and goal-oriented technical assistant is sought to
the Extracellular Vesicle group of Pia Siljander in the Molecular and
Integrative Biosciences research program, University of Helsinki,
located in Viikki. Part of the project may also be carried out in the
Institute of Molecular Medicine Finland, Helsinki. Our laboratory, which
also hosts a dedicated EV Core facility, specializes in cutting-edge EV
technologies and research.
Projects and responsibilities
We
have two ongoing interlinked projects funded by Business Finland where
we need technical assistance for the development of EV isolation and
analytical technologies and standardization. The laboratory work in
project one involves testing of a new technology to carry out
high-throughput isolations of EVs from plasma by testing different
conditions, plate formats and automatization in comparison to existing
methods. The quality of the isolates will be evaluated by EV
methodologies (including flow cytometry), through omics testing and
usual molecular biology methods. The work also involves analysis of EV
samples originating in the second project by the technologies available
in the EV group and core and through the other project participants.
This project also develops standardization for flow cytometry and
materials for standardization.
Qualifications
A
successful candidate has good skills in the essential molecular biology,
cell culture and biochemistry techniques, e.g. Western blotting and
working with multi-well assays. We value prior experience in flow
cytometry, data management and data analysis. The successful candidate
has an active approach to addressing lab needs, keeps meticulous records
of the experimentation and is a dedicated team player with excellent
self-management skills.
Salary, applications and contact information
Position
will be available 10.2.-31.12.2020. The start date can be set according
to agreement, but preference will be given to candidates who can start
as early as possible. Salary will be based on the University salary
scheme depending on the degree/work experience.
Position will be filled as soon as a suitable candidate is found.
Applications
should have a cover letter describing the qualifications of the
candidate, CV and two references from past employment and be sent to
maija.puhka@helsinki.fi and pia.siljander@helsinki.fi.
The
projects focus on studying stem / progenitor cell biology developing
kidney and aim to understand causes of congenital renal malformations in
humans.
Our group studies renal development with the help of different genetically modified mouse models and different in vitro culture
systems. We are specifically interested in understanding how kidney
growth through
ureteric bud branching morphogenesis is regulated and which kind of
cellular events drive its complex pattern. Our projects also explore how
growth factor induced signaling controls nephron progenitors during
their self-renewal and differentiation into the
functional units of the kidneys, the nephrons.
All applicants with genuine
interest in developmental and stem cell biology are encouraged to submit
a motivation letter, CV and possibly reference letter (if applicable)
to satu.kuure(at)helsinki.fi
before the deadline on February 28, 2020.
For further information, see Kuure lab or contact the group leader Satu Kuure (satu.kuure(at)helsinki.fi
, +358 2941 59395).
Selected publications:
Takko, H., Pajanoja, C.,
Kurtzeborn, K, Hsin, J., Kuure, S. and Kerosuo, L. ShapeMetrics: a
userfriendly pipeline for 3D cell segmentation and spatial tissue
analysis Dev. Biol., Conditionally accepted.
Kuure, S. Sariola, H. Mouse
models of congenital kidney anomalies. Chapter 5 in book Animal models
of human birth defects, Springer Nature Singapore Pte Ltd. In press.
Dapkunas A, Rantanen V, Gui
Y, Lalowski M, Sainio K, Kuure S, Sariola H. Simple 3D culture of
dissociated kidney mesenchyme mimics nephron progenitor niche and
facilitates nephrogenesis Wnt-independently. Sci Rep.
2019 9(1):13433.
Kurtzeborn, K., Kwon, H.N., Kuure, S. 2019. MAPK/ERK signaling in regulation of renal differentiation. Int J Mol Sci. 2019 20(7).
Li, H., Jakobson, M., Ola, R., Gui, Y., Kumar, A., Sipilä, P., Sariola, H., Kuure, S*. Andressoo, J-O*. 2019. Development of the urogenital system is regulated via the 3’UTR of
GDNF. Sci Rep, 9(1):5302.
Zhang, H., Bagherie-Lachidan,
M., Badouel, C., Enderle, L., Peidis, P., Bremner, R., Kuure, S., Jain,
S., McNeill, H. 2019. FAT4 fine-tunes kidney development by regulating
RET signaling. Dev Cell, 48(6):780-792.e4.
Ihermann-Hella,
A., Hirashima, T., Kupari, J., Kurtzeborn, K., Li, H., Kwon, H.N.,
Cebrian, C., Soofi, A., Dapkunas, A., Miinalainen, I., Dressler, G.R.,
Matsuda, M., Kuure,
S. 2018. Dynamic MAPK/ERK Activity Sustains Nephron Progenitors through
Niche Regulation and Primes Precursors for Differentiation. Stem Cell Reports, 11(4):912-928.
Multiple postdoctoral fellow positions are available in the Dhvanit Shah Laboratory (www.shahlaboratory.org)
at the Center for Childhood Cancers and Blood Diseases, Nationwide
Children’s Hospital & Ohio State University, Columbus OH, United
States. The Shah laboratory provides a dynamic microenvironment that
offers excellent opportunities for intellectual exchange
and collaborations among investigators from diverse fields. We
investigate the origin, development, and differentiation of
hematopoietic stem cells (HSCs), and their utility in treating patients
with blood and bone marrow diseases. We have expertise in utilizing
zebrafish, mice, and human induced pluripotent stem (iPS) cells to
analyze novel genes and mechanisms important for blood formation. Our
goals are to utilize our knowledge in developing cellular- and
mechanism-based therapies as well as generating functional
HSCs for the treatment of hematological diseases.
Position # 1: Epigenetics of Hematopoietic Stem Cell Development and Disorders
The
ideal candidate will have Ph.D., M.D., or M.D./Ph.D. in Regenerative
Medicine, Stem Cells, Immunotherapy, Hematology, Oncology, and/or
Biology. This position offers
an excellent opportunity to learn and apply skills in epigenetics,
directed differentiation of human induced pluripotent stem cells
(iPSCs), HSC transplant, xenograft, computational biology,
high-throughput screening, gene-editing, and/or molecular and cellular
biology techniques.
Position # 2: Bioengineering of 4D or 3D Tissue Scaffold Development
The
ideal candidate will have Ph.D., M.D., or M.D./Ph.D. in Tissue
Engineering, Biomaterials, Biophysics, Machine Learning, Systems
Biology, Chemical Engineering, and/or
Drug Development. This position offers an excellent opportunity to
learn and apply skills in organoid development, 3D bio-printing,
Bio-MEMS, artificial intelligence, microfluidics, proteomics, and/or
medicinal chemistry.
Strong
background in one or more of these areas is preferred but not required.
Qualified candidate should be able to work independently as well as in a
group environment.
Interested candidates should send their cover letter, CV, and contact details of three references
The
Department of Clinical Pathology and Cytology in Solna is increasing
the use of NGS-based analysis. We are therefore looking for a new member
of the Clinical Molecular Pathology
lab in Solna with knowledge and experience in bioinformatics
(computational biologist). The job will focus on establishing and
conducting routine diagnostic analyses on clinical material. Tasks will
initially focus on analyzing genomic variants in a team setting,
but may be expanded to other NGS methods as well. There will be a close
collaboration with the Clinical Genomics part of SciLifelab. The job is
of indefinite duration (tillsvidareanställning), full time.
More information or have questions regarding this position, please contact the lab manager Semra Öz Baloglu semra.oz-baloglu@sll.se,
preferably within two weeks.
Significant experience / qualifications:
Practical experience of bioinformatics
General knowledge in bioinformatics
Good social skills
Proficient in English and at least intermediate in Swedish (oral and written)
Experience working with IGV (integrated genome viewer)
Some wet-lab experience, including DNA/RNA extraction and PCR
Biopankkien Osuuskunta Suomi – FINBB on kuuden suurimman sairaanhoitopiirin, kuuden yliopiston ja Suomen valtion (THL) omistama, vuonna 2017 perustettu yritys. Tavoitteenamme
on luoda Suomeen kansainvälisesti edistyksellinen
biopankki-infrastruktuuri biolääketieteellistä tutkimustoimintaa
tehostaen ja lisäten maassamme. Olemme ensimmäisenä Euroopassa
kehittäneet yhden luukun periaatteella toimivan Fingenious®
-digitaalisen kansallisen palveluportaalin, mikä on rakennettu
palvelemaan akateemisia ja yrityksissä työskenteleviä tutkijoita
maailmanlaajuisesti.
Kasvavanorganisaatiomme
tavoitteena on luoda Suomeen maailman paras biopankkiverkosto
hyvinvointia, terveyttä ja tutkimustoimeliaisuutta maassamme lisäten.
Tiimimme koostuu tällä hetkellä viidestä huippuammattilaisesta.
Olemme
nyt kehittymässä rakentamisvaiheesta kohti kaupallistamisvaihetta ja
vahvistamme organisaatiotamme uusilla avainhenkilöillä. Etsimme nyt
biolääketieteellistä markkinaa tuntevaa
ASIAKKUUS- JA PALVELUJOHTAJAA
Tulet vastaamaan asiakkuuksiemme johtamisesta ja koordinoimisesta sekä kansallisesti että kansainvälisesti. Kehität FINGENIOUS®
-brändin alla toimivia palveluita ja liiketoimintamalleja yhteistyössä
organisaatiomme kanssa ja identifioit myös uusia
liiketoimintamahdollisuuksia. Sinulla on myös tärkeä rooli palveluidemme
kaupallistamisessa ja hinnoittelukäytäntöjemme kehittäjänä.
Odotamme sinulta
akateemista loppututkintoa sekä kokemusta biolääketieteellisestä
tutkimuksesta ja sen organisoimisesta; kokemus biopankkitoiminnasta
ja/tai kansainvälisestä tutkimustoiminnasta on sinulle merkittävä
lisäetu. Kokemuksesi kautta ymmärrät hyvin sekä akateemisten että
yritysmaailman tutkijoiden tarpeita. Raportoit tehtävässäsi
toimitusjohtajalle.
Olet palveluliiketoiminnan ammattilainen ja toimit mielellään
asiakasrajapinnassa; olet persoonaltasi liiketoimintalähtöinen ja
tuloshakuinen. Olet työssäsi itseohjautuva ja yrittäjähenkinen ja
sovellut pieneen ja ketterään organisaatioomme. Olet hankkinut kokemusta
kansainvälisestä toiminnasta ja sinulla on erinomainen englannin kielen
taito; muu kielitaito on sinulle lisäetu. Olet valmis työssäsi myös
matkustamaan. Tehtävän sijoituspaikkana on joko Helsinki tai Turku.
Tarjoamme Sinulle mahdollisuutta
olla rakentamassa maailman parasta biopankkien verkostoa yhdessä
partnereidemme ja sitoutuneiden asiantuntijoidemme kanssa. Suomesta on
kehittynyt biopankkitutkimuksen globaali edelläkävijä ja pääset tekemään
merkityksellistä työtä, jolla on suuri vaikutus koko Suomen
terveydenhoidon ja yksilöllisen lääketieteen tulevaisuuteen.
Tehtävää koskeviin tiedusteluihin vastaa
Arespartnersin seniorikonsultti Erkki Levä puh. 040 181 9695. Lähetä
hakemuksesi ja CV:si palkkatoivomuksineen osoitteessa https://aresnets.arespartners.fi/27.1.2020 mennessä.
Biopankkien Osuuskunta Suomi – FINBB on kuuden suurimman sairaanhoitopiirin, kuuden yliopiston ja Suomen valtion (THL) omistama, vuonna 2017 perustettu yritys. Tavoitteenamme
on luoda Suomeen kansainvälisesti edistyksellinen
biopankki-infrastruktuuri biolääketieteellistä tutkimustoimintaa
tehostaen ja lisäten maassamme. Olemme ensimmäisenä Euroopassa
kehittäneet yhden luukun periaatteella toimivan Fingenious®
-digitaalisen kansallisen palveluportaalin, mikä on rakennettu
palvelemaan akateemisia ja yrityksissä työskenteleviä tutkijoita
maailmanlaajuisesti.
Kasvavan organisaatiomme tavoitteena on luoda
Suomeen maailman paras biopankkiverkosto hyvinvointia, terveyttä ja
tutkimustoimeliaisuutta maassamme lisäten. Tiimimme koostuu tällä
hetkellä viidestä huippuammattilaisesta.
Olemme nyt
kehittymässä rakentamisvaiheesta kohti kaupallistamisvaihetta ja
vahvistamme organisaatiotamme uusilla avainhenkilöillä. Etsimme nyt
TIEDE- JA VIESTINTÄPÄÄLLIKKÖÄ
Tulet vastaamaan
FINBB:n sekä jäsenbiopankkiemme biolääketieteellisiin projekteihin
liittyvästä viestinnästä sekä kansallisesti että kansainvälisesti.
Toimit FINBB:n lääketieteellisenä asiantuntijana sekä FINBB:n että
biopankkien edustajana eri kansallisissa tiedeprojekteissa ja
työryhmissä; olet myös yhteyshenkilömme eurooppalaiseen
biopankkiverkostoon. Olet keskeinen henkilö Suomen biopankkien verkoston
rakentamisessa maailmaan parhaaksi. Vastuualueisiisi kuuluu myös
lääketieteellisten tutkimussuunnitelmien laatiminen yhdessä
asiakkaidemme kanssa. Raportoit tehtävässäsi toimitusjohtajalle.
Odotamme sinulta
korkeakoulu- ja mieluiten tohtoritasoista tutkintoa luonnontieteiden
tai lääketieteen alalta; tunnet jo entuudestaan biolääketieteellistä
tutkimusta ja biopankkimaailmaa Suomessa ja Euroopassa. Kokemuksesi olet
hankkinut esim. tiedeviestinnästä vastaavana tai medical writer
-tyyppisistä tehtävistä.
Sinulla on erinomaiset kansainvälisen
tason kommunikointi- ja viestintätaidot ja edustat mielelläsi FINBB:tä
mm. eri tiedetapahtumissa Suomessa ja maailmalla. Olet työssäsi
itseohjautuva ja yrittäjähenkinen ja sovellut pieneen ja ketterään
organisaatioomme. Tehtävä edellyttää jonkin verran matkustamista sekä
Suomessa että ulkomailla. Tehtävän sijoituspaikkana on joko Helsinki tai
Turku.
Tarjoamme Sinulle mahdollisuutta olla
rakentamassa maailman parasta biopankkien verkostoa yhdessä
kumppaneidemme ja sitoutuneiden asiantuntijoidemme kanssa. Suomesta on
kehittynyt biopankkitutkimuksen globaali edelläkävijä ja pääset tekemään
merkityksellistä työtä, jolla on suuri vaikutus koko Suomen
terveydenhoidon ja yksilöllisen lääketieteen tulevaisuuteen.
Tehtävää koskeviin tiedusteluihin vastaa
Arespartnersin seniorikonsultti Erkki Levä puh. 040 181 9695. Lähetä
hakemuksesi ja CV:si palkkatoivomuksineen osoitteessa https://aresnets.arespartners.fi/27.1.2020 mennessä.